和國軍隊的指揮體系做了全面調整。
第一輪軍事改革中被嚴重削弱的地方軍區基本上成了“空巢”，新的聯合指揮作戰系統成了軍隊的最高指揮機構。總參謀部增設3個常務副總參謀長與3個副總參謀長，分別由陸海空3大軍種與陸戰隊、電子資訊網路、空天3個獨立兵種司令或參謀長兼任。按照項鋌輝提交的改革規劃（實際為趙潤東制訂的改革計劃），今後將取消總參謀長，由3個常務副總參謀長輪流擔負總參謀長的職務，平衡陸海空3大軍種，由6個副總參謀長成立“參謀長決策機構”，增強聯合作戰能力。
項鋌輝這麼做，等於陸軍主動放棄“老大哥”的地位。雖然此舉在陸軍中引起巨大反響，但是在海軍、空軍與3個獨立兵種中得到廣泛支援。因為陸軍在共和國軍隊中所佔比例已經降至40％以下，所以陸軍的反對沒有多大效果，其他軍兵種的支援更有決定性。
在李存勳看來，最大的“受害者”是裴承毅，最大的“受益者”是林嘯雷。因為按照這套改革方案，項鋌輝離任後不設總參謀長，輪到海軍司令擔負總參謀長職務。
改革的目的不是削弱誰，增強誰，而是最大限度的提高共和國軍隊的戰鬥力。
21世紀以前，共和國施行“本土防禦”，陸軍擁有至高無上的地位。2025年之前，共和國施行“有限反擊、近岸防禦”，海軍與空軍的地位提高，陸軍仍然最為重要。2025年之後，共和國肯定會邁向遠海，推行“遠洋防禦”，海軍與空軍的重要性明顯超過陸軍，甚至連3個獨立兵種的重要性都在陸軍之上。
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