題，袁世凱遂命施肇基專門負責此事，對日交涉，交涉完成之後，便將他調回北京，在外務部供職。
袁世凱死後，聯合陣線最終入主中樞，掌握了最高權力，之後，必要的人事調整也隨之展開，一番你爭我奪之後，權力分配完成，而施肇基也正因此被一腳踢出了外務部，先是坐了半年的冷板凳，然後被“發配”到了駐俄公使館擔任參贊，直到唐紹儀接任駐俄公使，才向中樞推薦了施肇基，於是大總統趙北一紙調令，施肇基就從冰天雪地的俄羅斯來到了這烈日炎炎的東印度群島，擔任駐巴達維亞領事。
在調令裡，趙大總統還特意叮囑過，吩咐施肇基在南下巴達維亞之前務必先回一趟北京，總統有要緊的話交代，也正是在總統府統帥堂裡，總統先生明確指示施肇基，一旦去了巴達維亞，必須立即著手蒐集一切關於爪哇島及其附近島嶼的情報，軍事、政治、社會、民俗、資源，所有的情報都必須仔細整理，並儘快向中樞轉交情報。
從那時起，施肇基就明白，總統的野心不止在東亞大陸，作為一位“遠東狂人”，總統似乎是一個“泛亞細亞主義”者，他對歐洲殖民者長久統治著亞洲而深感不滿，隨時隨地都在琢磨著如何驅逐那些貪婪的歐洲殖民分子。
如果說以前施肇基還認為總統有些過於狂妄的話，那麼現在，施肇基的想法已經改變了，在他看來，總統這不是狂妄，這是未雨綢繆，或許總統早就預見到了歐洲列強必將因為殖民地的分配問題而爆發武裝衝突，所以從幾年前開始，總統就佈置好了一切，就等歐洲爆發戰爭了。
現在，歐洲已經爆發戰爭，德國、英國、法國、奧匈帝國、俄羅斯帝國都已被捲入歐洲的戰爭，它們已無暇東顧，現在，對於“泛亞細亞主義”者而言，確實是一個實現驅逐歐洲勢力夢想的大好機會，或許，“狂人總統”已經做好準備，打算接管一切了。
但是真的是這樣麼？至少施肇基現在還不是非常肯定，畢竟中國的力量還不足以吞下東印度群島，雖然歐洲列強確實已被戰爭分散了精力，但是作為後起的工業強國，美國仍在冷靜的旁觀，再加上一個仍擁有相當海軍實力的日本，這遠東地區的格局卻也不是說改就能改得了的，這一點施肇基看得明白，那位總統先生恐怕也不會看不明白，若論戰略眼光，現在還真沒幾個人比得上他。
此次海軍在巴達維亞的冒險或許只是中樞的試探行動，中樞是想看看荷蘭人是否是外強中乾，然後再決定下一步的行動。
現在，那位荷蘭派駐東印度殖民地的總督居然同意中國海軍的襲擊艦進入巴達維亞港“修理”，這就表明，至少在目前，荷蘭政府的立場是軟弱的，或許是擔心使事態進一步升級，最終導致戰爭，因此荷蘭人選擇了退讓，不過這種退讓是有限度的，那位總督先生只允許中國海軍的軍艦在港口停泊最多五天時間，然後就必須離開這個中立港口，而且那艘從印度洋跟蹤而來的英國海軍舊式巡洋艦就停泊在中國軍艦的附近，負責“監督”中國軍艦的行動。
對於中樞的行動，施肇基完全贊同，他是在外國見過世面的，深知西方列強對“弱肉強食”法則的推崇，雖然目前中國還算不上一個強國，但是至少可以試一試在國際舞臺上擁有自己的位置，能不能成功的虎口奪食並不重要，重要的是，透過此舉，中國向國際社會傳達了一個訊號，那就是，中國已不再是任人宰割的弱肉，中國也必須取得“與國力相稱的國際地位”。
相比英國、法國，荷蘭只是一個小國，昔日的“海上馬車伕”早已衰落，之所以能夠保持東印度殖民地到現在，並不是因為荷蘭強大的軍力，而僅僅是因為歐洲的戰略均勢，而現在這個戰略均勢已隨著歐洲戰爭的爆發而發生動搖，選擇這樣一個時機向荷蘭挑釁，施肇基認為中樞在這個問題上把握得還算不錯。
不過這畢竟是對“國際舊秩序”的挑釁，還是需要冒一些風險的，為了避免引起不必要的麻煩，施肇基現在必須走個過場，向那位荷蘭的東印度殖民地總督進行一番“解釋”，而這也是他這個領事存在的意義之一。
很快，馬車趕到總督府，施肇基按照外交禮節拜會了那位總督先生，就剛才發生在巴達維亞港外的“誤會”向總督先生做出瞭解釋，並對總督先生允許艦隊在港口停泊修理的行為表示了感謝，而總督先生也對領事先生的禮貌做法“非常滿意”，並在會談中多次提起中荷兩國的“友誼”。
這場充滿了逢場作戲味道的外交會談只進行了不到半個小時，然後就迅速結束了，施肇基乘著馬車返回了中國駐巴達維亞領事館，