，因為他知道，這麼大的艦隊，至少擁有一艘航空母艦。於是南雲忠一又下令甲板上的飛機，改去襲擊美艦。這樣又要卸下炸彈，裝上魚雷。恰巧又碰上第一批轟炸中途島的飛機歸來，而第二批飛機又停在甲板上，使它們無處降落。南雲忠一又下令把飛行甲板騰出，讓返航的飛機降落。
戰機貽誤了，時間一分一秒地過去。從美國航空母艦上起飛的轟炸機直撲赤誠、加賀和蒼龍，炸彈呼嘯而下。這8艘大型航空母艦中彈後，立即引起艦上飛機起火和堆在甲板上的炸彈連續爆炸。霎時間，彈片橫飛，穿過甲板，又在艦體深處引起爆炸，機艙破壞，艦舵失靈。甲板上許多飛機不是燒燬，就是落海。不久，這三隻龐然大物就變成一堆堆廢鐵，沉入到太平洋中。
南雲忠一正在旗艦赤誠號上指揮，眼前這一切使他呆若木雞。在部下的催促下，他離開正在燃燒的旗艦，轉移到一艘巡洋艦上，向山本五十六報告。這時候，山本正威風凜凜地坐在他的旗艦大和號上，這是當時世界上最大的戰列艦。慘敗的訊息，使他的胃劇烈地疼起來。過了一會兒，他又像一個輸紅了眼的賭棍，命令所有的艦隊向他集中，企圖誘使美國艦隊繼續西進，想用他的艦隊猛烈的炮火摧毀美國艦隊。但是美艦指揮官識破了山本的計劃，沒有上當。
6月4日中午，倖存的飛龍號航空母艦，派出飛機，把美國航空母艦約克頓號炸成重傷，而美國艦隊飛機很快又報了仇，把飛龍號炸沉。
日方敗局已定。5日凌晨，山本發出命令：取