但是，周瑜在對待孫劉聯盟的態度上不如魯肅積極，他一心防著劉備，直到臨死前還向孫權建議由孫權的堂兄奮威將軍孫瑜率軍攻取益州，自己率軍進攻襄陽，同時聯合張魯、馬超共拒曹操。
然而，周瑜偏偏在這個時候英年早逝。對於孫權來說這是一個巨大損失，對於曹操來說卻是少了一個勁敵，而對於劉備來說此事卻是一個福音。
周瑜的死讓孫權十分哀痛（權素服舉哀，感動左右），靈柩還吳時，孫權從京口（今江蘇鎮江）親自到蕪湖（今安徽蕪湖）迎接，可見情誼之深。
周瑜病重期間上書孫權：“當今天下並不平靜，所以我夙夜憂心。現在北有曹操這個敵人，劉備又近在公安，邊境地區也不安定，應該選良將來鎮撫（今既與曹操為敵，劉備近在公安，邊境密邇，百姓未附，宜得良將以鎮撫之）。魯肅的智慧和謀略足以勝任，請讓他來接替我，那樣我即使死了也沒有什麼牽掛了。”
《江表傳》也載有周瑜臨死前寫給孫權的信，大意相同，但言辭完全不一樣，信中有“如今曹操在北方，戰事未停，劉備寄居於公安，好像養虎，天下之事還未見分曉（方今曹公在北，疆埸未靜，劉備寄寓，有似養虎，天下之事，未知終始）”之句，周瑜認為魯肅為人忠烈，臨事能當即立斷，所以推薦他來代替自己（魯肅忠烈，臨事不苟，可以代瑜）。
這樣，孫權就任命魯肅為奮武校尉接替周瑜。周瑜去世前擔任的職務是偏將軍，算是副軍長，魯肅此時擔任的校尉一職比偏將軍低，算是師長，就職務本身來說周瑜和魯肅都不高。前面已經說過，這與他們在軍中的資歷有關，但就實際職權而言，他們的地位又很重，負責孫吳在荊州前沿地帶的一切軍政事務。
南郡讓出後，魯肅將指揮部搬到江陵下游的陸口（今湖北蒲圻西北），他在這裡治理地方，發展軍務，很有成效，所統率的人馬由接手時的四千人左右發展到一萬多人。後來孫權把自己一方佔領的長沙郡以及周邊一部分地區新設了一個漢昌郡，任命魯肅為漢昌郡太守、偏將軍。
魯肅最能認識到孫劉聯盟的重要性，與周瑜的鷹派觀點不同，他是一個鴿派。在魯肅主政期間，孫劉關係總體不錯，為劉備不斷拓展勢力營造了良好的外部環境。
在周瑜去世之前，大約是建安十四年（209年）劉備的夫人甘氏也去世了，孫權趁機把自己的妹妹嫁給了劉備，雙方達成了一樁政治婚姻。
史書對這件事的記載十分簡單，只有《漢晉春秋》《華陽國志》以及《三國志》的《二先主妃子傳》《趙雲傳》《法正傳》中略微提過幾次。孫權的這個妹妹叫什麼名字無考，《漢晉春秋》說她叫孫仁獻，這不太像女人的名字，也有叫她孫仁、孫尚香的，那都是後人的附會。
孫堅的這個女兒實在算不上淑女，簡直是一個野蠻女友。據《三國志法正傳》記載，她很有才，但也很有男人氣（才捷剛猛，有諸兄之風），身邊有一百多名侍衛婢女，個個執刀弄槍，劉備每次見了都心驚膽顫（劉備每入，內常覺凜然驚懼）。
不過在當時，這樁政治婚姻讓孫劉聯盟更加鞏固。婚後劉備告別孫權，攜新婚妻子自京口（今江蘇鎮江）返回公安（今湖北公安），對劉備而言此行超額完成了既定任務，不僅借到了地盤，還有了意外收穫。
據《江表傳》記載，劉備臨行前孫權在“飛雲大船”上與張昭、秦松、魯肅等十餘人共同送別劉備，在船上舉行宴會話別。張昭、魯肅等人走後，孫權和新妹夫劉備進行了長談，他們在談話中還說到了周瑜，嘆息於他的早逝。
但是劉備心裡並不輕鬆，他知道此行是冒了極大風險的，要不是曹操的軍事行動給孫權施加了壓力，無意中幫了他的忙，此行能否順利回去都很難說。據《江表傳》記載，後來龐統到了劉備那裡，劉備知道他曾經在孫吳任職，就問他當初在孫吳做客，是不是有人打算扣留自己。當得知確有此事後，劉備不禁十分後怕，認為當初赴孫吳是一步險棋，不是萬全之計。
據《山陽公載記》記載，劉備一離開京口，就對左右說：“孫權長得上身長下身短，這樣的人不會居於人下，我不能再見他了（孫車騎長上短下，其難為下，吾不可以再見之）。”於是他們晝夜兼行，恨不得馬上回到公安。
不管怎麼說，這一段時間是孫劉結好的蜜月期，為了對付共同的敵人曹操，雙方儘量擱置分歧，互相讓步，讓聯盟不斷鞏固，他們知道只有這樣才能與曹操真正抗衡。
【二、濡須口】
建安十七年（2