自“七·七”事變以來，全國抗戰已持續了一年多。中國軍隊損失了大量人員和裝備，海空軍戰力銳減，陸軍因傷亡過重，兵員大多不及編制的一半，因此，南嶽軍事會議突出強調了整訓部隊的必要性，蔣介石在會上指出：南嶽軍事會議“最大的目的，就是要整理軍隊、建立軍隊，……確立第二期抗戰勝利的基礎。”並宣佈，將“全國部隊分三期輪流整訓，限期完成”，辦法是“將全國現有部隊三分之一配備在游擊區域——敵軍的後方，擔任遊擊，以三分之一佈置在前方，對敵抗戰，而抽調三分之一到後方整訓。……每期整訓期間，暫定為四個月；一年之內，即須將全國軍隊一律整訓完成。”＇張其購主編：《先總統蔣公全集》第1冊，臺北中國文化大學出版部，1984年版，第1195、1197頁。＇
整訓軍隊主要是加強教育訓練與改訂部隊編制兩大方面。在教育訓練方面，要求透過短期訓練，提高官兵技術、戰術技能。要求注重發揮官兵的進取心，培養官兵的攻擊精神和強韌的戰鬥意志。為了學習游擊戰，軍訓部在湖南衡山舉辦了遊擊幹部訓練班，請中共中央派人到訓練班任教。在改訂編制方面，精減非戰鬥的機構和人員，充實作戰部隊。按照這一原則，軍事委員會決定原有的軍委會、戰區、兵團、集團軍、軍團、軍和基本戰略單位師的7級指揮機構中，廢除兵團、軍團兩級，並以軍力基本戰略單位，還決定廢除旅級編制，以便戰略指揮和戰術指揮都能更加靈敏快捷。此外，對兵員補充、後勤保障等方面也提出了相應的改進要求。
上述二期抗戰的指導方針及相應的各種軍事計劃無疑有一定的客觀依據，然而在實際執行過程中，這一方針並未貫徹始終，特別是在反共傾向逐步加劇的情況下，二期抗戰方針的內容也發生了質的變化。如：派往敵後本應對日遊擊作戰的部隊逐漸成為與中共抗日武裝磨擦的主力；連續發動有限攻勢的規定在1939年以後也基本被消極應付所取代；整訓部隊日後也成了儲存實力，消極避戰的代名詞。造成二期抗戰方針不能充分發揮積極作用的根本原因不在軍事，而在於政治上反共傾向的抬頭。
二、國民黨五屆五中全會
繼南嶽軍事會議之後，1939年1月21日至31日，中國國民黨在重慶召開了第五屆中央執行委員會第五次全體會議。這次會議是抗日戰爭進入相持階段之初召開的一次對抗戰頗具影響的會議。有155名國民黨中央執委、候補執委和監察委員、候補監察委員出席。國民黨總裁蔣介石親任主席，主持了會議。五屆五中全會的內容涉及第二期抗戰的政治、軍事、經濟、外交、教育等各個方面，其中主要議題是抗戰和黨務問題。在這兩個主要問題上，五屆五中全會表現出積極與消極方面交相併存的雙重性。
在抗日問題上，五屆五中全會基本上堅持了繼續持久抗戰的立場。武漢會戰後，日本改變了侵華策略，著重從政治上進行誘降。中國國內、尤其是國民黨內妥協求和的空氣再度上升，對此，五中全會在其宣言中重申：“吾人所求為合乎正義之和平，非屈服之和平，屈服只以助長侵略。中國若怵於日本暴力，以屈服謀一時之苟安，則將降為日本之殖民地。”＇榮孟源主編：《中國國民黨歷次代表大會及中央全會資料》下，光明日報出版社，1985年版，第543頁。＇
表達了堅持抗戰的意向。蔣介石也在題為《以事實證明敵國必敗我國必勝》的開幕詞中，批評了對日和平的傾向，表示要堅持抗戰。蔣介石表示：“我們的精神絕對不要被敵人所脅制，我們更絕對不能受敵人的欺騙。我們一定要持久抗戰奮鬥到底，不但使敵人過去‘速戰速決’的目的不能達到，而且要使他現在‘速和速結’的狡謀成為粉碎，這就是我們今日唯一的方略，這就是敵之失敗，也就是我國勝利的基礎。”＇張其購主編：《先總統蔣公全集》第1冊，臺北中國文化大學出版部，1984年版，第1210頁。＇
但是，五屆五中全會在抗戰問題上也存在不徹底的方面。蔣介石在開幕詞中說：“我們目前如果妄想妥協，希求僥倖的和平，就無異自投羅網，自取滅亡。須知敵國前首相近衛上月二十二日發表的所謂調整國交的談話，實在是誘降的文告，而不是講和的條件。如果依此而講和平，老實說就是降服。”＇張其購主編：《先總統蔣公全集》第1冊，臺北中國文化大學出版部，1984年版，第1210頁。＇
蔣介石雖然反對現時對日妥協，但並未斷然排除與日本談判媾和的可能性，問題在於時機和條件。
黨務問題是