留冀中堅持鬥爭，爾後率其餘部隊分兩個梯隊西移，至9月25日先後抵達行唐西北的南北城寨地區。
第120師自1939年1月挺進冀中，到7月，共作戰160餘次，殲滅日偽軍4q00餘人，對鞏固冀中平原抗日根據地作出了巨大貢獻。第120師進入冀中的部隊共6400餘人，離開冀中時部隊發展到21900餘人。
1939年3月，冀中軍區按照八路軍總部整軍訓令和晉察冀軍區的部署開始整軍，第一期抽調6個大隊和第4軍分割槽獨立2團，到平漢路西北嶽區，整編成第16、第17、第18、第32等4個團，8月上旬返回冀中。同時，冀中部隊利用戰鬥間隙進行整訓。8月，方強率領八路軍總政治部戰地工作考察團來到冀中，直接幫助冀中第二期整軍。這次冀中軍區集中各軍分割槽新編成的第21、第22、第23、第24等4個團，在軍區駐地武強縣北代村周圍於9至11月進行3個月整訓，各軍分割槽的其他部隊和軍區直屬的警備旅、回民支隊自行整訓。經過1939年整軍，冀中軍區建成14個主力團，即第16、第17、第18、第21、第22、第23、第24、第27、第29、第30、第32、第34團和警備旅第1、第2團。此外，軍區還有回民支隊、任（丘）河（間）大（城）支隊和5個遊擊總隊。部隊軍政素質和戰鬥力有了明顯提高。
7、8月，冀中區遭受了空前大水災，水災期間，戰鬥相對緩和。9月，冀中洪水退落，青紗帳倒，日軍準備分割槽“掃蕩”。
從10月8日到22日，日偽軍6000餘人首先“掃蕩”大清河北地區。12月3日至7日，日軍1500餘人“掃蕩”平漢路、沙河、滹沱河之間的三角地區。12月中旬至12月末，日軍集中兵力1。2萬餘人，第三次分割槽“掃蕩”冀中。這一次日軍對大清河北、滏陽河東南和子牙河東西，以及滏陽河以西以北和滹沱河兩岸三個區域同時進行“掃蕩”。半個月時間裡，冀中八路軍作戰13次，傷亡450多人，斃傷敵1200人以上。
冀中軍區部隊在1939年頻繁的反“掃蕩”中，作戰383次，斃傷日偽軍9414名，俘日偽軍1718人，付出傷亡3851人的代價。
日軍為鞏固對冀中平原的統治，從1939年12月前後開始推行“囚籠政策”，大舉修路，以深溝高壘連結碉堡據點，並以縣城等重要據點為中心，在外圍修數道公路，既將抗日根據地分割成許多孤立小塊，又便於其機械化部隊運動。
與“囚籠政策”相互配合的是不斷的分割槽“掃蕩”。
1940年2月21日到3月5日，日軍1000餘人，“掃蕩”沙河、滹沱河、唐河之間地區。3月17日至30日，日軍6000餘人又在滹沱河以北、瀦龍河以東、子牙河以西地區實行分割槽“掃蕩”。此時，冀中7個主力團和在冀中的第120師獨立第3支隊及津南自衛軍，已經南下晉冀豫、冀魯豫地區執行其他任務。
從4月10日至5月底，日偽軍3萬餘人對冀中進行為期50天的第二次春季“掃蕩”。這次“掃蕩”，時間長，行動詭秘，穩紮穩打，連續合擊，增修公路，構築據點，至5月中旬據點達到4D0個左右（1939年底177個），並封鎖河流，控制渡口，使冀中形勢空前嚴峻。為了協助冀中反“掃蕩”，晉察冀軍區派來兩個團。冀中軍區留下相當兵力以營或連為單位靈活作戰，一部主力轉移到平漢路西山地，集結整訓，作戰與整訓的部隊輪流替換，以保持持續力量。冀中軍區機關大部轉移路西，負責人輪流帶部分工作人員在路東負責指揮。50天反“掃蕩”中，八路軍作戰91次，犧牲879名，負傷624名，斃傷日軍2942名，偽軍419名。
為保護麥收打擊日軍搶麥和破壞麥收的計劃，冀中軍區重新部署，以在北嶽區休整後的一批部隊投入作戰，以營為單位，分散配合地方游擊隊、遊擊小組積極活動，打擊據點伸出之敵，襲擊據點，將敵人孤立圍困於據點之內，發動群眾破壞交通。從6月1日至25日，作戰44次，斃傷日軍515人，偽軍226人，在黨政軍民共同努力下取得了保衛麥收的勝利。
6月下旬，青紗帳逐漸繁茂，冀中南下的部隊歸來，於是發起青紗帳戰役，至8月中旬，冀中部隊作戰146次，斃傷日軍2189名，偽軍422名，收復15個據點。
（二）北嶽區的鞏固
1938年9月20日至11月7日，日軍集中5萬兵力圍攻北嶽區後，從11月中旬到1939年春，對北嶽