為加強對長江以北乃至整個華中淪陷區工作的領導，1939年9月17日，劉少奇由延安出發，月底再次到達竹溝。11月初經豫皖蘇邊區渦陽，於月底，抵達皖東定遠縣藕塘附近山黃村新四軍江北指揮部。
一、第1、第2支隊東進北上，江南指揮部成立
1939年，新四軍第1、第2支隊堅決貫徹執行“向北發展，向東作戰，向南鞏固”的方針，在鞏固蘇南茅山抗日根據地的同時，積極實行東進北上。
1939年初，日軍在茅山根據地周圍頻繁“掃蕩”，修築公路，增設據點，對茅山根據地實行封鎖。新四軍在反“掃蕩”的同時，在金壇地區和溧（水）武（進）公路沿線，主動出擊，先後在水陽鎮、官陡門、東灣等地給日軍沉重打擊。
1月6日，“掃蕩”宣城之日偽軍130餘人北撤，當晚進至蕪湖以東的水陽鎮。7日晨，第2支隊第3、第4團在水陽鎮以北1。5公里處設伏，斃傷敵30餘人。1月21日凌晨，第2支隊第3團突然襲擊蕪湖日軍機場外圍據點官陡門，經20分鐘戰鬥，斃傷偽軍70餘人，俘偽軍60餘人，並將偽軍據點搗毀，第3團僅傷兩人。
2月7日，第1支隊第2團攻擊溧武公路日軍重要據點東灣，火燒碉堡，將東灣據點日軍全部殲滅，並擊退來援日軍兩批（共300人），在1小時的戰鬥中，共殲日偽軍200餘人，繳槍20餘支。接著該團又於2月18日襲擊延陵敵據點，殲日偽軍80餘人。
1939年初，新四軍第1支隊以第2團在丹陽遊擊縱隊配合下，挺進揚中，將該地偽軍消滅，並以第3、第4支隊各一部北渡長江，進至大橋、嘶馬、吳家橋一帶，從而控制了通揚運河以南沿江地區。同時，主動與國民黨蘇魯皖邊遊擊軍李明揚、李長江（“二李”）取得聯絡，建立抗日統一戰線關係。
1939年4月初，陳毅命令第6團準備東進江南東路地區。＇東路地區指無錫、江陰公路以東的江陰、無錫、蘇州、常熟、太倉地區。＇
5月5日拂曉，第6團由常州附近越過京滬鐵路，在戴溪橋地區與“江南抗日義勇軍”會合，成立“江抗”指揮部，梅光迪任指揮，葉飛任副指揮，以“江抗”名義繼續東進。5月下旬，“江抗”在無錫東北的黃土塘與日偽軍600餘人遭遇，殲敵百餘人，取得東進途中第一次戰鬥勝利。6月24日夜，“江抗”襲擊京滬鐵路中段日軍重要據點滸墅關車站，經1小時戰鬥，全殲該地日軍50餘人和偽軍1箇中隊，炸燬鐵橋1座，使京滬鐵路停運3天。隨後乘勝東進，進入常熟境內，在陽澄湖畔與常熟中共黨組織及其領導下的“民抗”取得聯絡。
7月，“江抗”以約1個團的兵力南越京滬鐵路，進入青浦，與當地游擊隊會合。7月23日，上海日偽軍一部到青浦“掃蕩”，“江抗”擊退日偽軍後，跟蹤追擊，竟於天黑後衝進上海虹橋機場，當即擊毀敵機4架，使京滬線上日軍大為震驚。”江抗”在東路地區連戰皆捷，大大鼓舞了群眾的抗日熱情，大批青年踴躍參軍，“江抗”遂擴編為第2、第3、第5路。此後，“江抗”與中共上海黨組織領導的常熟、嘉定、青浦等地抗日遊擊隊配合，共同開闢了蘇（州）常（熟）太（倉）和澄（江陰）錫（無錫）虞（常熟）遊擊根據地。隨後，“江抗”奉命西撤，留下部分地方武裝，繼續堅持當地鬥爭。
11月7日，第1、第2支隊領導機關合並，成立新四軍江甫指揮部，陳毅、粟裕分任正、副指揮，統一領導在蘇南的第2、第4團、新3、新6團、“江抗”、丹陽遊縱及蘇南地方武裝。同時，成立蘇皖區黨委，統一領導蘇皖、蘇南、蘇北三個特委。“江抗”第2路到揚中後，與丹陽遊擊縱隊臺編為新四軍挺進縱隊，北渡長江進至揚州、泰州地區開展抗日遊擊戰爭。此外，第4團主力與“挺縱”一部合編為蘇皖支隊，向揚州、儀徵、天長、六合地區發展。
二、新四軍軍部率第3支隊等部堅持皖南抗日陣地
1938年12月，在皖南堅持抗戰的第3支隊（欠第6團）由青弋江防區奉調銅陵、繁昌沿江地區。當月和1939年8月，第1支隊第1團、第2支隊第3團先後由蘇南敵後調回皖南，歸新四軍軍部直接指揮。到1940年秋，在皖南又已陸續組建了新1團、新3團，軍部特務營也擴大為特務團。
日軍為維護長江交通，不斷對皖南進行“掃蕩”。1939年日軍5次進犯繁昌。1～2月，繁昌兩失兩克。5月20日至23日，日軍1000餘人第3次進犯繁昌，第3支隊和第1