軍展開激烈戰鬥，但寡不敵眾，彈藥也幾乎消耗殆盡，乃於16日深夜解散，隊員各自找尋逃亡之路。
嘉義市是這次起義中規模最大、戰況最激烈的地方。3月9日，被包圍在嘉義水上機場的國民黨軍隊，派市長和省參議員劉傅到民眾的“防衛司令部”講和，條件與5日所提的同樣：一是市民所攜武器全部集中於警察局，不得使用。二是市民提供白米20袋、蔬菜水果3000斤。另一方面也派嘉義中學校長唐玄飛往臺北請援。3月10日，“防衛司令部”再次答應，便於11日推舉陳復志等12名代表，分乘兩輛滿載著食物、青菜和香菸的卡車運往機場。不料途中遭受國民黨軍隊的埋伏襲擊，除了三人逃脫外，其他代表盡被捕殺。失去領導者的民眾軍隊，頓時陷於混亂狀態，且遭受國民黨軍隊的乘勢反攻。12日下午，大批國民黨軍隊空運到嘉義機場，立即在嘉義市內展開抓捕行動，有數百名市民慘遭殺害。
3月6日，高雄市“2·28事件處理委員會”為了減少犧牲，彭清靠、塗光明、曾鳳鳴、林介等4名市參議員與市長黃仲圖前往壽山拜訪要塞司令彭孟緝，要求解除武裝。彭聽到這一要求後勃然大怒，加之塗光明等人在談判中破口大罵蔣介石和陳儀，彭孟緝當場將塗光明、曾鳳鳴、林介三人�