吉斯林艾曼努爾·莫拉維茨上校當上了教育部長。莫拉維茨過去是捷克陸軍的喉舌，他曾向西方國家呼籲，在還來得及的時候要認識到捷克斯洛伐克在應付重新武裝起來的德國的戰略價值。但是西方國家沒有聽他的活。莫拉維茨從慕尼黑協定簽訂的時候起就急劇地改變了他的政策。在新的形勢下，他認為捷克人別無辦法，只有把他們的事業同德國的事業打成一片。當然，他的主張被納粹控制的報刊向國外宣揚了。當他獲得控制教育的大權這一賞賜以後，他就拼命去搞當時還保留的小學教育的納粹化工作，並對那些不象莫拉維茨上校那樣的、沒有認識到他們在柏林的德國救星的知識分子大肆迫害。在海德里希領導下，把保護國作為大德意志一個——次等的——部分併入的過程加快了——誠然，與此相反的託詞實際上全被放棄。這一點在希特勒1942年5月7日的法令裡特別清楚，這項法令表面上的意圖是要“簡化”波希米亞…摩拉維亞的行政工作。從6月15日它生效之日起，所有地方當局和警察當局都要以德國行政委員會的名義，代表德國管理保護國。德國地方長官的人數這時減少到了七名。
這時候，消極地裝傻和等待的帥克傳統，已經變成了積極得多的行動，這也多虧了捷克斯洛伐克流亡政府的各種活動。貝奈斯博士在美國進行了為期五個月的訪問後，已於1939年7月18日回到倫敦。當戰爭在9月裡爆發時，他向英國、法國和波蘭政府堅決表示，捷克斯洛伐克從1939年3月15日起就已經在同德國交戰了。10月6日，他去巴黎，因為3月15日不曾辭職的捷克斯洛伐克前駐法公使，斯洛伐克人奧蘇斯基在那裡聲稱，是他在指揮著所有的捷克人和斯洛伐克人。奧蘇斯基對貝奈斯的領導向來是不滿的，他們之間於是出現了僵持的局面，後來，前不久才從布拉格來到巴黎的施臘麥克大主教終於說服奧蘇斯基同貝奈斯達成了協議。一個包括他們三人在內的捷克斯洛伐克民族委員會成立起來，並能夠組織成一支捷克斯洛伐克武裝部隊，由法國政府編入了法國陸軍。在法國崩潰以後，捷克斯洛伐克部隊就逃往英國，其主力於1940年7月14日在那裡登陸。一週以後，英國政府正式承認那些捷克政治領導人為倫敦的捷克斯洛伐克臨時政府。7月23日，貝奈斯重新就任總統，並任命施臘麥克為總理，以揚·馬薩里克（外交）、斯拉維克（內政）、烏特拉塔（財政）、因格爾（國防）、費埃拉本德和那個不服從上級的奧蘇斯基（國務部長）為其內閣同僚。這個臨時政府具有一種模糊的中左色彩；它既不包括農民黨人，也不包括斯洛伐克牧師派議員和共產黨人。這位總統還指派了一個四十人的國務會議——後來增加到五十人——代表著各種頗為不同的觀點。10月25日，捷克當局同英國簽訂了一項軍事協定，規定在英國指揮下組織和使用捷克斯洛伐克的武裝部隊。
到德國對俄國發動進攻一個月後，即到1941年7月18日，英國才正式承認貝奈斯總統為一國的首腦。蘇聯也在同一天正式予以承認。8月10日，據宣佈，遵照7月18日的蘇捷協定，一個捷克斯洛伐克旅正在俄國境內組織起來，以便同在英國建立的或正在組成的捷克斯洛伐克武裝部隊保持平衡。可以肯定的是，捷克斯洛伐克國內有相當大一部分居民這時正冒著死刑的威脅在收聽俄國的無線電廣播，特別是收聽英國廣播公司的廣播——總之，聽眾人數相當多，足以使捷克公眾訊息十分靈通。海德里希的行為激起了新的沸騰的義憤；破壞活動非但沒有停止，反而有增加的跡象，尤其是1942年春季在克拉德諾煤礦裡。如同歐洲其他地方那樣，共產黨人的組織相當嚴密，他們的秘密報刊也相當順利地發揮著作用。
5月27日早晨，正當海德里希駕車穿過利貝尼（布拉格）郊區到辦公室去時，投來的一顆炸彈使他受了致命傷，他在6月4日斃命。這是歐洲抵抗希特勒運動的大事之一。一個顯要的納粹頭子，而且是一個受到特別保護的黨衛隊頭子被殺死，這還是第一次。的確，海德里希可以被看作是黨衛隊的智囊，他的喪生在希特勒看來，是不可彌補的。後來蓋世太保關於這一事件的報告似乎或多或少是真實的，即這次突然襲擊是倫敦的捷克人策劃的，並由皇家空軍空投下的英國境內捷克斯洛伐克軍隊中的兩名傘兵——一個捷克人和一個斯洛伐克人——執行的。他們的任務完成以後，聖哈爾列斯·博羅麥奧教堂的東正教教士便把他們隱藏起來，並供給他們膳食。德國人於6月18日似乎就在那個教堂裡搜捕到了他們，把他們同幾個掩護者一起就地殺害了。
在保護國內，襲擊