本投降的最後儀式舉行前，便把這份指令發到了麥克阿瑟的司令部。
這份檔案重申了波茨坦宣言中最初提出的佔領政策的最終目標：非軍事化和實現民主。關於其他盟國參加佔領的問題，檔案說：
佔領在實質上將代表那些為了對日作戰的聯合國家的共同利益而盡責任的主要盟國所進行的一次軍事行動。為此，將歡迎並期待其他在對日作戰中發揮主要作用的國家派遣部隊來參加佔領。佔領軍概歸美國指派的最高統帥統率。
儘管將作出一切努力，透過協商和建立適當的諮詢機構，以制定使各主要盟國滿意的有關佔領日本和管制日本的政策。但萬一盟國之間發生分歧，美國的政策將起支配作用。
關於日本現行的政府，作了如下的規定：
……最高統帥將透過日本政府的大小機構，包括天皇在內，行使其權力直至令人滿意地推進美國目標為止。日本政府將被允許……行使正常的政府權力處理國內的行政事務。……這項政策的目的在於利用而不是支援日本現有的政體。
責成麥克阿瑟執行的經濟政策是寬大的。非軍事化並不要求拆除輕易便可轉為民用的工廠；將由日本負擔佔領費用，但以“不致引起饑饉、疾病的蔓延和造成尖銳的物質困苦為限”；賠償也只限於沒收日本在海外的財產並且限於“拿走那些為日本和平經濟所不需要的物資和現存的主要裝備及設施”。
當這些政策性的要點尚在討論時，圍繞著受降儀式產生了一些較小的但卻是棘手的問題。在太平洋戰爭中起了主要作用的美國海軍對麥克阿瑟接受日本投降忿忿不平。後來，決定在美國戰艦“密蘇里”號上舉行受降儀式，並授權尼米茲海軍上將代表美國在投降檔案上簽字，而麥克阿瑟則作為盟軍最高統帥簽字，這樣海軍的自尊心總算得到了安慰。
俄美關係由於一系列的誤會和互相猜疑而受到干擾，其中許多是由於從馬尼拉發到莫斯科的電報傳送的延誤和障礙所引起的，麥克阿瑟的司令部當時設在馬尼拉。例如美國人獲得一份假報告說，俄國軍隊正在日本北端的大島北海道登陸，因此提出了抗議。同樣地，俄國人也擔心美國人正在設法拒絕把千島群島劃給他們，又懷疑美國人會不把蘇聯代表及時送到馬尼拉參加受降儀式。
由於這些以及諸如此類的波折，又由於需要集結和運送佔領軍，最後再加上一場颱風，使日本的正式投降延遲到9月2日。那天，先由一支盟國艦隊停泊在東京灣，美國部隊和少數英國海軍陸戰隊一起在東京郊外建立了一個小小的橋頭堡，在當地時間上午9時零8分，簽署了受降檔案。它採取的形式是由美國、英國、俄國和中國“代表其他對日作戰的聯合國家”接受天皇的一份無條件投降的宣告。澳大利亞、加拿大、紐西蘭、法國和荷蘭的代表也出席簽字。
同時，日本帝國大本營釋出了一道通令，規定了日本武裝部隊各單位所應遵循的投降程式，當時這些單位分散各處，從東印度到千島群島，從緬甸到中太平洋的一些島嶼。劃分了五個區。在中國（不包括滿洲）、福摩薩和十六度線以北的印度支那的日軍奉命向中國人投降。滿洲、三十八度線以北的朝鮮、千島群島和薩哈林島上的日軍奉命向俄國人投降。緬甸、泰國、十六度線以南的印度支那、東印度、馬來亞、俾斯麥群島和索羅門群島的日軍則奉命向東南亞盟軍總司令或向澳大利亞人投降——具體再由兩者另行安排。其他太平洋島嶼上的日軍向美國太平洋艦隊總司令投降；日本本土、菲律賓群島和三十八度線以南的朝鮮的日軍向美國陸軍投降。
麥克阿瑟打算把解除武裝和日本士兵的遣運工作辦得井井有條，並設法防止在東京灣全面受降之前發生任何就地受降的事情。中國人和英國人遵從了他的計劃。結果，直到9月12日，蒙巴頓才在新加坡接受了東南亞盟軍司令部管轄區內日軍的正式投降。在中國的日軍也同樣到9月9日才在南京向蔣介石的代表投降。
然而，俄國人並沒有受麥克阿瑟的命令和指示的約束。俄國遠東軍總司令華西列夫斯基於8月21日便接受了滿洲關東軍的投降。兩天以後，斯大林便宣佈該地區已被完全佔領。紅軍的長驅直入到此為止，它並沒有進入中國本土，把那裡的日軍留給別人去解決。當然，紅軍的確也進佔了朝鮮的北半部。
這樣，到1945年9月中旬，對日本共榮圈的瓜分實際上已經完成，並且透過一系列的命令和協定而得到正式的確認。但是日本對這些地區的佔領所留下的痕跡，以及由日本的榜樣與宣傳激發起來的反對歐洲人統治的大亞