條約規定：在“以前的波蘭國家領土之內”，德蘇雙方的“各自國家利益”的分界線將在所附議定書中詳細說明，雙方承認這一分界線是確定不變的；這一解決辦法應被認為是德俄兩國人民之間“友好關係向前發展的堅實基礎”；不容許“第三方面的任何干涉”。在一項秘密議定書中，蘇聯政府保證，對於要從其轄區內遷移走的德僑或德國血統的人將不加阻撓，而德國政府則對其轄區內的烏克蘭人或白俄羅斯人，也承擔同樣的義務。此外還有兩個秘密議定書，一個規定各方都必須鎮壓任何影響對方領土的波蘭人的騷亂，另一個是按照9月25日斯大林的建議，修改8月23日秘密議定書的條款，將立陶宛與盧布林省以及華沙省的一部分交換。與此同時，必然還作出了規定，或者達成了諒解，認為（蘇瓦烏基那小塊地區”（在東普魯士與立陶宛之間）也應該從俄國改劃到瓜分波蘭的分界線的德國一側，因為議定書還規定，一旦蘇聯政府“在立陶宛領土上採取特別措施以維護其利益”時，就應該在先前的立陶宛…波蘭邊界線的最西北一段上，稍微作一點對德國有利的調整，就是把原先為波蘭領土的蘇瓦烏基那小塊地區擴大一些。最後，兩國外長簽署了一項宣告，目的在按照德國政府的意圖去說服西方國家接受在波蘭的既成事實。
9月28日雙方在莫斯科同意的分界線，自立陶宛…波蘭邊界的南端起，向西延至奧古斯托夫以北的東普魯士邊界（從而把蘇瓦烏基那小塊地區改劃入分界線的德國一側）。然後分界線沿東普魯上邊界到皮薩河，再沿皮薩河和納雷夫河到奧斯特羅倫卡，然後向東南延伸至努爾與布格河相會合。再沿布格河向東南，直到克里斯特諾波爾，由此轉向西，到達普熱米什耳以北的桑河，然後沿著蜿蜒曲折的桑河延伸至斯洛伐克與喀爾巴阡山的盧西尼亞交界的地方。
新的瓜分線的最南面一段和8月23日所劃的那條線是一樣的。因此蘇聯政府保有了利沃夫及其製糖和紡織工業，以及大約百分之八十的油田，包括德羅霍貝什和博雷斯拉夫的油井，這是兩次大戰之間波蘭產油最多的地方。沿桑河來劃分，還使俄國與匈牙利有了一個共同的邊界（匈牙利這時佔領了喀爾巴阡…盧西尼亞），並可以防止德國和羅馬尼亞建立直接的聯絡。更北面一些，這條線向東移，使德國控制了幾乎整個維斯杜拉河流域，也控制了整個華沙（根據8月23日的協議，俄國可以佔領維斯杜拉河東岸的普臘加郊區）。在蘇瓦烏基地區突出部分，德國獲得了若干有價值的農田。
從民族學上說，9月28日的分界線比8月23日的分界線合理一些。又有大片純粹或者主要由波蘭人居住的地區（包括約有三百萬波蘭居民的盧布林省）歸於德國，而差不多所有白俄羅斯人或烏克蘭人佔多數的地區還是歸於俄國。第二次的分界線——第一次也是這樣——與波蘭人在居民中佔多數的那些地區的東邊界線（即寇松線）有顯然的不同，不同之處在於，修改後的分界線，仍然把納雷夫河上游左岸以東波蘭人居住的地區劃給了俄國。按照英國的估計，俄國佔有寇松線以西的土地，約有八千平方英里。
佔領蘇瓦烏基地區突出部分的俄國軍隊已經在10月的第一個星期內撤退，10月14日，德國最高統帥部宣佈，劃歸德國的全部領土已由德國軍隊佔領。在這期間，10月4日簽訂了一份議定書，規定為劃定地面界線而成立一個德蘇委員會。委員會立即開始工作，分界工作在1940年2月底完成。分界線全長九百英里，其中有三分之二是沿著河流的，而在“旱地”上，則用界樁明確標出一條十五英尺寬的分界地帶。有些地方的分界線要經過原始森林，就用電鋸在林間開出一條道路。據報紙報道，在河流和界樁後面，分界線的兩邊立刻開始築起了防禦工事。
1939年9月28日的德蘇協議規定了德蘇兩國在波蘭佔領區的分界線，在該協議簽字後五個星期內，德國把佔領的大部分土地併入德國的版圖，俄國則把佔領的全部土地併入俄國的版圖。德國佔領區內的行政機構在本叢書的另一卷中加以敘述；這裡只是簡略地敘述兩次大戰之間波蘭東部各省的幾百萬居民變成蘇聯公民的過程。
根據1939年9月28日德蘇協議劃歸蘇聯的波蘭各省，由佔領當局組成兩大行政區：西烏克蘭（大致相當於東加利西亞和沃林）和西白俄羅斯（包括普里皮亞特沼地，格羅德諾整個省，以及維爾紐斯地區中沒有交給立陶宛的那些部分）。
當紅軍於1939年9月17日開始侵入波蘭時，鐵木辛哥將軍是南方戰區的最高指揮員，北方是科瓦列夫將