還尋陽。道規曰：“不可！彼眾我寡，強弱異勢，今若畏懦不進，必為所乘，雖至尋陽，豈能自固！玄雖竊名雄豪，內實恇怯；加之已經奔敗，眾無固心。決機兩陣，將雄者克，不在眾也。”因麾眾先進。毅等從之。玄常漾舸於舫側以備敗走，由是眾莫有鬥心。毅等乘風縱火，盡銳爭先，玄眾大潰，燒輜重夜遁。郭銓詣毅降。玄故將劉統、馮稚等聚黨四百人襲破尋陽城。毅遣建威將軍劉懷隸討平之。懷肅，懷敬之弟也。
玄挾帝單舸西走，留永安何皇后及王皇后於巴陵。殷仲文時在玄艦，求出別船收集散卒，因叛玄，奉二後奔夏口，遂還建康。
己卯，玄與帝入江陵。馮該勸使更下戰，玄不從，欲奔漢中就桓希，而人情乖沮，號令不行。庚辰，夜中，處分欲發，城內已亂，乃與親近腹心百餘人乘馬出城西走。至城門，左右於暗中斫玄，不中，其徒更相殺害，前後交橫。玄僅得至船，左右分散，惟卞範之在側。
辛巳，荊州別駕王康產奉帝入南郡府舍，太守王騰之帥文武為侍衛。
玄將之漢中，屯騎校尉毛修之，璩之弟子也，誘玄入蜀，玄從之。寧州刺史毛�В�持�芤玻�漵詮佟ｈ呈蠱湫炙鐧v之及參軍費恬帥數百人，送��ス榻�輳�晌紓�魴�諉痘刂蕖５v之、恬迎擊玄，矢下如雨，玄嬖人丁仙期、萬蓋等以身蔽玄，皆死。益州督護漢嘉馮遷抽刀，前欲擊玄，玄拔頭上玉導與之，曰：“汝何人，敢殺天子！”遷曰：“我殺天子之賊耳！”遂斬之，又斬桓石康、桓浚、庾�責之，執桓昇送江陵，斬於市。乘輿返正於江陵，以毛修之為驍騎將軍。甲申，大赦，諸以畏逼從逆者一無所問。戊寅，奉神主於太廟。劉毅等傳送玄首，梟於大桁。
毅等既戰勝，以為大事已定，不急追躡，又遇風，船未能進，玄死幾一旬，諸軍猶未至。時桓謙匿於沮中，揚武將軍醒振匿於華容浦，玄故將王稚徽戍巴陵，遣人報振雲“桓歆已克京邑，馮稚復克尋陽，劉毅諸軍並中路敗退。”振大喜，聚黨得二百人，襲江陵，桓謙亦聚眾應之。閏月，己丑，復陷江陵，殺王康產、王騰之。振見帝於行宮，躍馬奮戈，直至階下，問桓昇所在。聞其已死，瞋目謂帝曰：“臣門戶何負國家，而屠滅若是！”“琅邪王德文下床謂曰：”此豈我兄弟意邪！“振欲殺帝，謙苦禁之，乃下馬，斂容致拜而出。壬辰，振為玄舉哀，立喪庭，諡曰武悼皇帝。
癸巳，謙等帥群臣奉璽綬於帝曰：“主上法堯禪舜，今楚祚不終，百姓之心復歸於晉矣。”以琅邪王德文領徐州刺史，振為都督八州諸軍事、荊州刺史，謙復為侍中、衛將軍，加江、豫二州刺史，帝侍御左右，皆振心腹也。
振少薄行，玄不以子妷齒之。至是，嘆曰：“公昔不早用我，遂致此敗。若使公在，我為前鋒，天下不足定也。今獨作此，安歸乎？”遂縱意酒色，肆行誅殺。謙勸振引兵下戰，己守江陵，振素輕謙，不從其言。
劉毅至巴陵，誅王稚徽。何無忌、劉道規進攻桓謙於馬頭，桓蔚於龍泉，皆破之。蔚，秘之子也。
無忌欲乘勝直趣江陵，道規曰：“兵法屈申有時，不可苟進。諸桓世居西楚，群下皆為竭力；振勇冠三軍，難與爭鋒。且可息兵養銳，徐以計策縻之，不憂不克。”無忌不從。振逆戰於靈溪，馮該以兵會之，無忌等大敗，死者千餘人。退還尋陽，與劉毅等上箋請罪。劉容以毅節度諸軍，免其青州刺史。桓振以桓蔚為雍州刺史，鎮襄陽。
柳約之、羅述、甄季之聞桓玄死，自白帝進軍，至枝江，聞何無忌等敗於靈溪，亦引兵退，俄而述、季之皆病，約之詣桓振偽降，欲謀襲振，事洩，振殺之。約之司馬時延祖、涪陵太守文處茂收其餘眾，保涪陵。
六月，毛璩遣將攻漢中，斬桓希，璩自領梁州。
秋，七月，戊申，永安皇后何氏崩。
燕苻昭儀有疾，龍城人王榮自言能療之。昭儀卒，燕王熙立榮於公車門，支解而焚之。
八月，癸酉，葬穆章皇后於永平陵。
魏置六謁官，準古六卿。
九月，刁騁謀反，伏誅，刁氏遂亡。刁氏素富，奴客縱橫，專固山澤，為京口之患。劉裕散其資蓄，令民稱力而取之，彌日不盡。時州郡飢弊，民賴之以濟。
乞伏乾歸及楊盛戰於竹嶺，為盛所敗。
西涼公暠立子歆為世子。
魏主珪臨昭陽殿改補百官，引朝臣文武，親加銓擇，隨才授任。列爵四等：王封大郡，公封小郡，侯封大縣，伯封小縣。其品第一至第四，舊臣有功無爵者追封之，宗室疏遠及異姓