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四月二十六日，這一地區的地質情況開始發生變化。稀疏的小玄武岩礫石沒有了。出現的是更堅硬的石塊，然後是一整座玄武岩地臺，河水就是穿過這種玄武岩塊流動的。玄武岩的厚度顯著增大。達爾文認定，河水是在海底上升到地面後，在原來海灣的地方，為自己開闢一條通道的。“貝格爾”號的船員們接著就進入了石隘口地區，這裡有幾個罕見的噴泉。河流逐漸變窄了，拖拉船隻的勞動愈來愈艱苦。陡峭的河岸的懸崖上有大量兀鷹，這是一些巨大的猛禽，它們的翅膀從一端到另一端幾乎有二米半長。二十九日，科迪列拉山脈的一群雪峰出現在地平線上，開始碰見大量斑岩礫石，達爾文認為，從前這裡是大海時，這些斑岩礫石就在浮動的冰塊上被衝來了①。五月五日旅行者們開始返回，途中用了三天時間，因為他們是順流而下。經過的地方都特別淒涼和寂寞，所以達爾文在《航海日記》中寫道：“除我以外，大家都各有各的不滿意的理由”。
①礫石如此遠距離的轉移現在都是用冰川的活動來解釋的，而這些冰川所佔的空間要比現在的冰川大得多。
五月十二日，“貝格爾”號再次出海。這是一個狂風暴雨的天氣，現在達爾文也有不滿意的理由了。他在日記中寫道：“我由於害病而倒了黴”。
“貝格爾”號結束對南美洲東岸的曠日持久的測量工作，經麥哲倫海峽向西岸駛去。六月八日，旅行者們駛進了不久以前發現的馬格達累納河，並經馬格達累納河來到塔爾納角，那裡的岩石、冰、雪、風、水令人望而生畏，不過到了早晨，覆蓋著一層雪的薩爾明託山的壯麗景象又顯露出來，山麓下有著一片片陰森的樹林和一條條通向海邊的冰川。“貝格爾”號沿著狹窄的海峽迂迴行駛，於六月十日從兩大懸崖——東符裡島和西符裡島——之間進入太平洋。達爾文寫道：“一個居住在陸地上的人，只要看到這樣的海岸的形狀，整個星期都會想到翻船、危險和死亡，因而憂心重重”。達爾文就是帶著這種印象與火地島永別的。
“貝格爾”號的船員們，在離開火地島時，曾希望躲開這種對火地島來說已司空見慣的風暴。六月二十八日，“貝格爾”號停泊在奇洛埃島上的聖卡爾洛斯港。奇洛埃是一個山巒起伏的大島，處處覆蓋著密林，生長有常綠樹木和熱帶植物，經常颳著來自海上的風並帶來大量的雨水。島上和睦而又勤勞的居民是由具有印第安人的血統的混血人種組成的，他們使用最原始的工具來開墾土地和磨碎糧食。居民主要吃魚、馬鈴薯和豬肉，棲身於清除掉樹林的海岸上。聖卡爾格斯是一個居住很分散的小村莊，村中房屋的四壁和屋頂都是用松木板構造成的。
七月十四日，“貝格爾”號離開了這一處潮溼多雨的地方，向智利的主要海港瓦爾帕來索駛去，七月二十三日到達該港，並停泊在那裡。在離開火地島和奇洛埃海島之後，瓦爾帕來索的氣候使達爾文大為讚賞。城市也很美，由一條長街組成，它座落在一排特別鮮豔的紅壤土大山丘的山麓旁。遠處顯現出山巒起伏的科迪列拉山脈的輪廓和圓錐形的阿康卡瓜火山。達爾文在這裡遇見了老同學和老朋友李察德·科爾菲德，感到萬分高興，達爾文就住在他家裡。
應當認為，經過艱難困苦的海上奔波之後，能夠稍事休息，對此達爾文就已感到心滿意足了。“在南方霧氣瀰漫的陰沉氣候里長期航行之後，呼吸清新的乾燥空氣，享受美好的暖和天氣，品嚐有味的新鮮煎牛肉，乃是人生最大的幸福”。（達爾文一八三四年六月二十四日給漢斯羅的信）。此外，毫無疑問，他也懷念起故鄉、朋友和劍橋自由自在的生活來。看來，菲茨·羅伊不大招人喜歡，艦長與達爾文在政治上存在的分歧，大概使他們的關係有點緊張。至少，向來不動聲色的達爾文在給劍橋朋友們的信中，有時在字裡行間流露出對艦長辛辣的諷刺語氣。這是多麼不一樣啊！達爾文與劍橋的同學的關係是多麼的友好、多麼的真誠啊！是的，這些朋友幾乎把他忘了，而且也看不出這些朋友對他想與之通訊的想法能作出反應，但他給他們寫的信是多麼的誠懇和親切啊！他回憶起劍橋大學的遊覽和印象，大學生活中的一些可笑的或有趣的事，並竭力使他們對自己旅行中的一些事件感興趣。
如果看不出達爾文的老同學們有樂意回他的信的願望（稍晚，他收到福克司一封十分親熱的信，使他深受感動），那麼對他的摯友，博物學問題方面的導師漢斯羅就不能這麼說了。達爾文象以前一樣曾期待得到他的幫助，期待他對他的蒐集工作給予有益的建議和批評。達爾文所收集的一切蒐集