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當“貝格爾”號透過熱帶時，達爾文趁風和日暖的天氣，開始用一個一米多深的小網來捕撈浮游生物，這個小網是用破布做成的，破布被固定在半圓式的拱形木上。他們把這個小網從船尾往後撒開，把它拖在船後邊，這樣，小網就可捕獲大量形狀精巧和色彩豐富的微生物。達爾文在《日記》中寫道：“為了這樣一個微不足道的目的而創造出了這麼多的美景，這不能不使人感到驚訝”。他花了一整天的時間來清理自己的捕獲物，這使負責管理船的清潔和美觀的韋克姆上尉大為不滿。把所有這些小動物（用韋克姆的話說，是“一堆使人討厭的垃圾”）拖到甲板上來，當然是有礙於甲板的衛生。所以上尉憤怒地對達爾文說，如果我是艦長的話，那我早就把你和你那堆使人討厭的垃圾一起扔到海里去，因為只有博物學家才把這些玩藝兒看作寶貝，用心觀察、分析和研究。不過這種抱怨並沒有妨礙上尉和這位博物學家之間建立最密切的關係，所以達爾文指出，他在“貝格爾”號的所有旅伴中，除了斯托克斯和金克之外，就最喜歡韋克姆了。
一月十六日，“貝格爾”號在維德角群島中最大的島普拉亞港停泊下來。雖然從海面上望去，該港的四周呈現出一片荒涼，雖然達爾文擔心自己會對洪保德所描述的、他曾為之讚歎不已的熱帶風光感到失望，但是當他一上岸，走進長有羅望子、芭蕉樹和棕櫚樹的河谷時，就聽到不熟識的鳥兒在啼鳴，看到新奇的昆蟲圍繞著新開的花朵在飛舞，他感到這是對自己所經受的一切艱難和不幸的補償。他在日記中寫道：“這一天對我來說是永遠不能忘懷的，我就象一個瞎子重見光明一樣。我為我所見到的東西而傾倒，我對自己的印象無法準確地理清。”
在這裡，在這個陌生的環境裡，他坐在退潮後所出現的海水窪附近的溶岩的底下，可以看見新生的珊瑚。當灼人的陽光照射著周圍的一切時，他在研究聖地亞哥島的地質剖面圖、想起了他不久前讀過的賴爾的《地質學原理》第一卷。他曾試圖把賴爾的一些新原理運用到聖地亞哥島的地質上來。搞清楚聖地亞哥島的地質並非那麼困難。達爾文說：“一股溶岩在海底奔流、海底上面佈滿了一層貝殼和珊瑚的碎片，這些貝類和珊瑚凝結成堅硬的白色岩石。而後，整個島便隆起在海面之上。但是這個白色岩石線使我看到了一個重要的事實，這就是噴火口周圍的土地後來都沉沒了，這些噴火口當時都是起作用的，不斷噴射出一股股新的溶岩。”
達爾文由於感到把賴爾的基本思想運用於聖地亞哥島的地質上是件很容易的事，所以他一定認為賴爾的基本思想要比流行於美國的災變論者們的地質學思想更為優越。當時他想，他將對他所要訪問的各國的地質情況都要加以分類整理，他能夠收集到夠他寫整整一部地質書的大量資料。這個想法“使他高興得手舞足蹈”。
接著達爾文在這個島光禿禿的平原上，一連遊覽了三天。這裡到處都佈滿了一堆堆曬焦的岩石。三天的遊覽使達爾文得到了極其豐富的收穫。他已經被這新穎的熱帶大自然完全吸引住了，以致這三天的時間使他覺得無限的長，給他留下了很多的印象。
“貝格爾”號在這裡停泊了三個星期。達爾文懷著巨大的興趣進行了自然史考察。除了地質學之外，使他同樣感興趣的還有：熱帶植物，即棕櫚樹、非常粗的波巴布樹（他同菲茨·羅伊艦長和軍官們一起準確地丈量這種樹的粗度）、香蕉樹、甘蔗、咖啡樹和大量的鮮花；各種鳥，其中許多鳥色彩非常鮮豔；昆蟲；色彩也很鮮豔的海生動物，如海綿和珊瑚；還有其他一些動物，如海兔和章魚，他常沿著海岸觀察這些動物的習性並細心加以收集。有時候，他一連幾天坐在船艙裡研究所有這些生物，群島上的居民也使他很感興趣。每逢人們談起黑人時，他總是充滿好感，他特別注意黑人兒童或混血兒童的智力和很愛穿戴、生性愉快的黑人姑娘。
旅行一開始，他就在考察方面表現出敏銳的觀察力和認真仔細的特點：他用溼度表對錶面上估計的空氣包含水蒸汽的濃度作了測量，結果精密儀器表明，空氣的乾燥程度要比表面上估計的高得多；他注意到由於這裡經常刮貿易風，所以金合歡樹樹梢都向一面彎曲；他把沉積在桅杆頂端風向旗旗布上的灰塵加以收集。這種灰塵原來是從遙遠的非洲海岸刮來的，後來愛倫堡教授對它進行研究，發現裡面有原生生物的矽質甲殼。
達爾文寫信告訴父親說：“日子過得愉快極了，確實沒有比這更愉快的了；我忙得