帕什凱維奇是這樣解釋這一點的：“金萊茵特蘋果”是英國蘋果的一個品種，它具有無性繁殖的能力。著名的植物栽培學家懷特提出了關於果樹品種的永久性問題，並得出結論說：那些在幾個世紀期間靠嫁接來繁殖（無性繁殖）而不更新種植地塊的品種（其中包括“金萊茵特蘋果”）正在絕種。要使它們不絕滅，就必須用種子進行繁殖。達爾文說，一些物種如果在條件變化的情況下而不發生變化，那就會象無性繁殖而無變化的“金萊茵特蘋果”一樣而遭到絕滅。
“如果一種物種產生出其它的物種，也就是說，如果它們發生變異的話，它們的族就不會徹底滅亡，因為它們就象用種子進行繁殖的‘金萊茵特蘋果’一樣而繼續存在。”
地理擴充套件方面的事實也向達爾文提出了進化的說明。為什麼在某些地區動物屬於一定的型別，這一定有某種原因。為什麼羚羊在非洲，而袋鼠卻在澳洲？當然，這不是因為有兩個不同的創造者，而是因為“羚羊的共同祖先在非洲，而袋鼠的祖先在澳洲”。這不能不使他提出關於現代的貧齒動物和絕滅的貧齒動物之間的種屬問題。他在筆記中寫道：“我認為，在南美洲，大懶獸弟兄，即現在已經絕滅的犰狳的叔伯可能是所有犰狳的祖先”。但是，絕滅的種類是否總要留下後代呢？他在筆記中接著指出：“如果個體不能繁殖，它就沒有後代，物種的情況也是這樣。”他指出，古生的馬在一個地方留下了後代，這就是現在還生存著的南美洲的斑馬，而在北美洲，它卻已經絕滅了，沒有留下後代。這就很自然地提出了這樣的問題：這種絕滅取決於什麼呢？他把新的想法記了下來：“至於說到絕滅，那麼我們可以很容易地看到，鴕鳥的變種可能適應性很差，因而必將絕滅，或者在另一種情況下，象加拉帕戈斯群島上的反舌鶫那樣，處在有利的條件下而大大地繁殖起來。這一切都依據於這樣一個原則：在狹小境域內的繁殖和變化著的條件所引起的不斷變異，在適應於這些條件的情況下繼續存在和發展。因此，物種的絕滅是由於不適應環境的結果（與美洲的情況相反）。”
弗朗西斯·達爾文指出了這一處文字，雖然他認為這是個“表達得有點含混的”一處文字，但在這裡畢竟十分清楚地提出了最適應者得以儲存的原則，並注意到，達爾文在瞭解馬爾薩斯學說以前就寫出了這個原則。因此，弗朗西斯·達爾文是正確的，他說：“我毫不懷疑，只要他（查理·達爾文）知道生物是相互依附的，並且具有它們的生存條件是殘酷的這方面的知識，他的經驗就一定會形成為一種理論，有了這種理論，勿須求助於馬爾薩斯也能夠工作。”
人來源於動物這一點沒有使他這個既喜歡野生動物、又喜歡家養動物的博物學家，象許多和他同時代的人（甚至包括賴爾）那樣，產生某種厭惡的情感。達爾文寫道：“如果讓我們任意假設一下的話，那麼，動物，即在痛苦、疾病、死亡、苦難和飢餓中的·弟·兄，我們在最艱難的工作中的奴隸，我們在歡樂與共中的同志，——所有這一切也許會使它們通往同我們具有一個共同的祖先這個來源——·會·使·我·們·所·有·的·人·溶·合·在·一·起……（著重號是我加的——作者注）。”
他在用進化論說明所有生物的歷史發展時，同他在進行偉大的總結以前以及進行偉大的總結期間的物理學和天文學方面的狀況都進行了對比。他感覺到，他的理論不能不遇到類似的反對意見。他寫道：“在萬有引力定律發現以前，可以說用一個規律來說明所有星球的運動，正如用一個規律來說明一個星球的運動一樣，都是困難的。人們也可能說，這對於所有哺乳動物是一個來源這一點來說似乎什麼也沒有說明（如果我們打算說明的話）……”“天文學家曾經說過，上帝預先確定了每個星球要按照自己的特殊軌道執行。同樣，上帝也要求每個動物在一定的國家裡以一定的形式創造出來；但是這種要求的威力是多麼簡單而又多麼雄偉：讓萬有引力按照一定的規律發揮作用吧，這將會導致一種不可避免的結果，——讓動物創造出來吧，那時它們的後代將按照一代被另一代所代替的固定規律而成為同樣的動物。”
我們根據筆記中這些倉促作出的評論看到，達爾文在這個時期明確地向自己提出了進化原因的問題，對於進化他已經不再懷疑了，為了弄清進化的原因，他認為必須研究生物的適應性以及生物的性質、構成和本能。如果他的理論取得了勝利，他想在他的面前將會展現出科學進一步發展的極其廣闊的前景。他寫道：“我的理論將賦予現代（型別）和古生代（型別）比較解剖學以重要性：它將