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後來，楊定、楊奉、董承等護衛著獻帝逃離李傕、郭汜的圍追堵截，其間段煨（wēi）、張洛還曾想方設法劫走獻帝。獻帝經過千辛萬苦，歷時近半年，興平二年（195）十二月逃到安邑，第二年七月，才回到洛陽。這時的洛陽，經董卓的毀滅性破壞，宮室燒盡，滿目荊棘，人丁無多，一片荒涼。
漢獻帝在李、郭之爭中處於最為悲慘的境地之中。他不僅在政治上成為李、郭爭鬥的工具，而且在生活上也非常悽慘。有時飲食難以供應，群臣及侍從面有飢色。有一次，獻帝便向李傕要五斗米、五具牛骨以解燃眉之急，居然遭李傕拒絕，最後好歹給了一點臭牛排，獻帝雖然大怒，但也不能把李傕怎樣。獻帝使皇甫酈去說和二人，郭汜同意了，李傕堅決不答應，當皇甫酈向獻帝覆命說：“李傕不肯奉詔，詞語不順。”獻帝連怒氣都不敢有，而是“恐傕聞之，亟令酈去”。195年，李傕、郭汜表面和好以後，獻帝使人曉喻郭汜，要駕幸弘農，郭汜偏不理睬，獻帝無計可施，竟然悲憤得一整天不吃飯，以示抗議。獻帝雖為一代之君，卻遷徙留轉於豪強之間，生命都難以保證，更不要說實現他的政治理想了。
曹操專權：獻帝充當“天子”隨著軍閥混戰的愈演愈烈，漢獻帝的政治作用似乎越來越大了。建安元年（196），袁紹謀臣沮授曾勸說他，如果能“西迎大駕，挾天子而令諸侯”，就會收到沒有誰“能御之”的功效。
而曹操更是早有此識。初平二年（191），曹操做東郡太守不久，皇室劉邈在獻帝面前稱讚曹操忠誠，曹操為此十分感激。初平三年（192），治中從事毛玠向他建議：
今天下分崩，乘輿播蕩，生民流亡。公家無經歲之儲，百姓無安固之志，難以持久。夫兵義者勝，守位以財，宜奉天子以令不臣，修耕植以蓄軍資，如此則霸王之業可成也。
此言深得曹操之意。
獻帝東遷後，曹操覺得機會來了，當時宮中食用睏乏，曹操便經常向獻帝進獻食品和器物。獻帝還在洛陽時，曹操就曾向他進獻過縫帳2頂，絲線10斤，山陽郡所產的甜梨2箱，稗棗（一種青黑色的棗）2箱。獻帝都許後，曹操更是經常進獻，其中有桓帝時賜給他祖父曹騰的家藏器物，也有屬下陸續搜尋到的一些宮中流失的器物。
迎接漢獻帝來許昌，是曹操的另一個傑作。他最初提起此議時，只有荀彧（yù）贊同，並極力說明迎獻帝的迫切性和對今後鬥爭的有利性，說這是一件“大順”、“大略”、“大德”的事。但最初迎接由於董承等阻攔並未如願。後來董承為抵抗韓暹的勢力暗召曹操到洛陽。部下董昭又提醒他只有把獻帝迎到他的地盤許昌，方可成就大業，萬事無虞。這樣，曹操藉口京都無糧，要送獻帝到魯陽就食，把獻帝安全轉抵許昌。建安元年（196），漢獻帝遷都於許昌。
曹操對獻帝的物質保障和適度尊重，果然得到了他所期待的巨大回報。獻帝授給曹操節鉞，錄尚書事，任司隸校尉，遷都許昌後，又任命他為大將軍。“節”即符節，是古代帝王派遣將相委以重任時，用作憑證的一種信物，有了它就有了斬殺違犯軍令者的權力：“鉞”是古代一種象斧的兵器，這裡指帝王所專有的、代表征伐之權的一種斧鉞，有了它就有了總統內外諸軍的大權。“錄”即總領諸事之意，“錄尚書事”實即總攬朝政。東漢以來，中央政府中號稱三公的太尉、司徒、司空只是名義上的首腦，實際權力在中朝的尚書檯，皇帝總是挑選親信大臣“錄尚書事”。雖然後來曹操又辭去了大將軍一職，而改任司空，但有獻帝在許昌，他實際獲取了高出於所有文臣武將的地位。
漢獻帝劉協在許都雖然衣食無憂，卻也無所事事。特別是雖然是貴為天子，曹操也還算尊重自己，但他卻時時感覺到一種無形的壓力，這種壓力來自於曹操不斷地誅除公卿大臣，不斷地集軍政大權於一己。建安元年八月，曹操進駐洛陽，立刻趁張楊、楊奉兵眾在外，趕跑了韓暹，接著做了三件事：殺侍中臺崇、尚書馮碩等，謂“討有罪”；封董承、伏完等，謂“賞有功”；追賜射聲校尉沮俊，謂“矜死節”。然後在第九天趁他人尚未來得及反應的情況下，遷帝都許，使皇帝擺脫其他勢力的控制。此