的宗旨是大家都同意了的，如何辦法？卻有不同的主張。有人以為應該撇開曾國藩，另派欽差查辦；有人以為曾國藩在兩江總督以外，還有大學士的身分，此案應歸他主持。兩宮太后召見軍機，仔細商量結果，決定兼籌幷顧。一方面尊重曾國藩的地位，一方面另派大員到江寧，重新開審。同時為昭大公起見，決定用明發上諭：
“馬新貽以總督重臣，突遭此變，案情重大！張文祥所供挾恨各節，暨龍啟澐等指使情事，恐尚有不盡不實；若遽照魁玉等所擬，即正典刑，不足以成信讞，前已有旨，令曾國藩於抵任後，會同嚴訊，務得確情；著再派鄭敦謹馳驛前往江寧，會同曾國藩將全案人證，詳細研鞫，究出實在情形，從嚴懲辦，以伸國法。隨帶司員，著一併馳驛。”
鄭敦謹是刑部尚書，湖南長沙人。道光十五年乙未科的翰林，這一榜是名榜，人才濟濟，在咸豐初年，紅極一時。鄭敦謹的官運卻不算太好，翰林散館，當了刑部主事，外放以後，一直調來調去當藩司，但頗有政績。直到同治改元，才內調為京堂，升侍郎、升尚書。刑部尚書他是第二次做，第一次當刑部尚書在三年前，恰好西捻東竄，山西巡撫趙長齡防剿不力，帶兵的藩司陳湜，是曾國荃的姻親，本人性喜漁色，部下紀律極壞，慈禧太后得報震怒，大年三十派鄭敦謹出京查辦。結果按查屬實，趙長齡和陳湜得了革職充軍的處分，而鄭敦謹鐵面無私的名聲，也就傳了開來。
因此，上諭發抄，輿論都表示滿意，期待著鄭敦謹也象那次到山西查辦事件一樣，必能將這樁疑案