紛，但是一時之間也沒有什麼好的辦法，恰恰就在此時，袁崇煥走馬上任，而且從理論上來講，皮島的部隊他也是有權管理的。因此有官員建議把分配給皮島的給養全部由袁崇煥一人調撥，但此舉又遭到了毛文龍的極力反對。此事要換作別人也就罷了，但袁崇煥偏偏也是個倔脾氣。所以從一上任開始就對毛文龍頗為不滿，甚至還寫信給當時的內閣首輔錢龍錫，說要宰了毛文龍，而錢的態度則是不置可否，勸他謹慎行事。
崇禎二年五月二十二日，袁崇煥離開寧遠，去和毛文龍會談，並約定了在雙島見面。六月初一，毛文龍率領將士抵達，與袁正式開始會談。在這次會談中，袁崇煥先是建議毛文龍更改營制，接受朝廷委派的監軍，但是被毛文龍當即拒絕。接著袁崇煥又勸說毛文龍辭官還鄉，結果毛文龍卻大言不慚地回答：“向有此意，但唯我知東事，東事畢，朝鮮衰弱，可襲而有也。”聯想到之前毛部在戰場上的種種作為，袁崇煥心裡自然很不痛快，於是下定決心要除去這個混世寶。
六月五日，袁崇煥邀請毛文龍觀看將士們射箭比賽，眾人上山後，袁的親信參將謝尚政指揮各營官兵在外圍設下包圍圈，將毛文龍及其隨從官員與他們的部隊隔開。
袁崇煥說：“我明天就要回去了。將軍您身當國家海外重寄，請受我一拜。”說著下拜，毛文龍跪下還禮。接著袁崇煥又問起毛文龍手下將官的姓名，居然大多數姓毛，袁崇煥覺得奇怪。毛文龍說：“他們都是我的義孫。”袁崇煥笑了笑，接著對毛的部屬說道：“你們在海外苦守邊關，但兵士每個月只有一斛的糧，想起來令人痛心。請大家受我一拜，希望大家繼續為國效力。”眾將見狀急忙磕頭答禮。
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第69節：奈何江山唱晚（69）
客套完之後，袁崇煥隨即提出幾件事來責問毛文龍是否算是違抗命令，毛文龍當然立刻否認。眼見此時毛文龍仍然態度蠻橫，袁崇煥立刻火冒三丈，命令士兵除下他衣冠，綁了起來。毛文龍的態度倔強，自稱無罪有功。緊接著，袁崇煥又說：“你有十二個罪名都足夠砍頭的，你知道嗎？”接著便滔滔不絕數落起來：“祖制，大將在外，必命文臣監。爾專制一方，軍馬錢糧不受核，一當斬。人臣之罪莫大欺君，爾奏報盡欺罔，殺降人難民冒功，二當斬。人臣無將，將則必誅。爾奏有牧馬登州取南京如反掌語，大逆不道，三當斬。每歲餉銀數十萬，不以給兵，月止散米三鬥有半，侵盜軍糧，四當斬。擅開馬市於皮島，私通外番，五當斬。部將數千人悉冒己姓，副將以下濫給札付千，走卒、輿夫盡金緋，六當斬。自寧遠還，剽掠商船，自為盜賊，七當斬。強取民間子女，不知紀極，部下效尤，人不安室，八當斬。驅難民遠竊人參，不從則餓死，島上白骨如莽，九當斬。輦金京師，拜魏忠賢為父，塑冕旒像於島中，十當斬。鐵山之敗，喪軍無算，掩敗為功，十一當斬。開鎮八年，不能復寸土，觀望養敵，十二當斬。”
直到袁崇煥數落完罪名之後，毛文龍這才曉得自己是凶多吉少了，急忙磕頭求饒。但此時的袁崇煥早已決心殺他，於是轉身又問毛文龍的部下：“文龍罪狀當斬否？”諸將都不敢作聲。過了一會兒，有人說毛文龍這些年來沒有功勞也有苦勞。袁崇煥叱道：“毛文龍本來只不過是個布衣百姓，如今官居極品，滿門封蔭，已足夠酬答他的辛勞了，為甚麼他還這樣悖逆？”於是向著北京叩頭，宣稱：“臣今天誅毛文龍以整肅軍紀，諸將中若有行為如毛文龍的，也一概處決。臣如不能成功，請皇上也像誅毛文龍一樣的處決臣！”當即請出尚方寶劍，將毛文龍在帳前斬決，接著對毛文龍部屬諭示：“只誅毛文龍一人，其餘各人一概無罪。”此時毛文龍麾下將士足有數萬人，但卻無一敢動。袁崇煥命人收殮毛文龍，次日開弔拜奠，說：“昨日斬你，是為了朝廷大法。今日祭你，是為了僚友私情。”
殺了毛文龍之後，袁崇煥隨即將毛的部隊一分為四，分別指派毛文龍的兒子毛承祚、副將陳繼盛、參將徐敷奏、遊擊劉興祚四人分領，緊接著又犒賞軍士，盡除皮島毛文龍的虐政。
回到寧遠之後，袁崇煥立即上奏朝廷，並在最後說：“文龍大將，非臣得擅誅，謹席稿待罪。”崇禎得訊，大吃一驚，但一想反正毛文龍已經死了，目前又正倚賴袁崇煥守衛遼東，只得又優旨褒答，嘉獎他一番，緊接著又公佈毛文龍的罪狀，以安袁崇煥之心。
處理了這件事之後，袁崇煥擔心毛文龍的部下生變，又立即增撥餉銀至十八萬。然而此舉依然不能平息毛文龍部將心中的不服，很多人逐漸叛變