為了混亂的散兵，其中有些人自己扎筏過江，有很多人被淹死，被趕到的日軍射殺在江中。大部分未能過江突圍的中國士兵流散在南京街頭，不少人放棄武器，換上便裝躲入南京市的安全區。
十三日清晨，日軍開始攻入了南京城的市區。日本陸軍航空本部透過，戰略攻擊的實施，屬於破壞要地內包括政治、經濟、產業等中樞機關，並且重要的是直接空襲市民，給敵國民造成極大恐怖，挫敗其意志。
這是人類戰爭史上第一次明文規定可以在戰爭中直接以平民和居民街道為目標實施空襲，突破了戰爭倫理的底線。
一九三七年九月十九日，日軍第三艦隊司令官長谷川清下令對南京等實行無差別級的轟炸，這是南京大屠殺的起始日。
上午八時，空襲警報聲大作，江陰要塞瞭望臺報告：大批敵機正自下游向江陰飛來，海軍各艦炮手均各就各位。幾分鐘之後，只見一個由三十三架的敵機組成的龐大機群在三千米高度向西南飛去。
這一天正是著名的九一九空戰日，日本軍機被華軍空軍第四大隊擊落了四架，擊傷了一架，中國空軍傳奇人物劉粹剛自此一戰成名。九時左右，警報聲又起，海軍見敵機群正雜亂無章錯落�