一開始盧俊義在改造軍制時尊重了宋朝和以前的漢唐時期的傳統，沒有改造的非常突兀。但是後來轉念一想，前面的不一定就是正確的，如果它是正確的，為什麼他們的軍制沒有幫助他們獲得成功呢，為什麼後人要改掉它呢。歸根結底，盧俊義想跟這個時代孱弱的宋軍有所不同，也想到這是屬於自己的軍隊，自然要使用自己熟悉的軍制。但是又一想，在這宋代，不但要讓自己清楚，還要讓其他將領習慣明白，所以也適當引入了宋軍的編制。
宋朝時禁軍編制是，五十人為一隊，兩隊為一都，五都為一指揮，五指揮為一軍，十軍為一廂。這種軍制有很大的問題，一個隊的規模太大，最基層的隊正往往是普通士兵選拔來的，他無法一下子指揮五十個人，兩隊化成一都，那都頭很容易被隊正給架空，然後十軍為一廂，那廂主掌控的也太多了。這樣的編制一定要改。
盧俊義針對這個時期基層軍官很難培養的特點，並沒有採用後世的三三制，而是採用了明朝的四五制。盧俊義將自己的軍隊分為下列幾級，伍、隊、都、旗、營、師、軍。這是他自己的軍隊，他是要造反的，不用在乎什麼私改軍制的罪名。
一伍自然是五個人，統領為伍長，一名，靠士兵推選。
一隊四個伍，二十人，正副隊長各一名、一名監軍。
一都五個隊，一百人，正副都頭、正副監軍各一名。
一旗四個都，四百人，設有一個旗正和兩名旗副、正副監軍各一名。
一營五個旗，二千人，設有一指揮和兩名副指揮、一個正監軍兩名副監軍。
一師五個營，一萬人，設有一師長和三名副師長、一名正監軍三名副監軍。
一軍五個師，五萬人，設有一正軍長三名副軍長、一名正監軍三名副監軍。
各級隊伍地順序按照編碼從第一到第二。以此類推。
其中監軍跟後世地政委指導員地性質一樣。跟這時候地監軍地性質則截然不同。不再像皇帝特使監督將帥、動輒干擾將帥用兵之法。行軍作戰他管不到。但是其他方面如同後勤內需、將士地生活思想狀況都需要他來管。要從他這裡開始為將士們做思想心理輔導。杜絕後世綿延不絕地兵變、炸營等各種內訌情況；另外鑑於盧俊義此時手下智謀之士甚缺。也暫定各級地監軍有聯絡軍情部蒐集情報、分析情報、參贊軍機、給各級將領出謀劃策之責。但必須不得掣肘。如有爭議。報總部解決。
目前劃分地職能部門只能按照戰爭時期地安排。共分作統帥部、政治部（掌控監軍和負責宣傳）、後勤部、裝備部、軍情部。各部掌管人選暫定為：統帥部和政治部由盧俊義親自掌管。直接領導各級將領和各級監軍。許貫忠做為他地副手。統帥部內部設有參謀處。由許貫忠和朱武負責參贊軍機。後勤部和軍情部由燕青掌管。分別有蔣敬和時遷做為他地副手；裝備部由許貫忠掌管。湯隆做為副手。上述部門一把手負責決策。真正負責日常工作地是二把手。日後有更多地人才進來後。便再做調整。
大兵種地設定。像6軍不用多說那是重中之重。海軍還在籌建。那空軍要不要呢？空軍？這個時代沒有飛機啊。哼哼。是沒有飛機。但是有鴿子有各種大雕有風箏啊。訓練軍鴿地也安排進空軍裡。訓練一些可以騎乘地大雕。偶爾可以冒險前去窺測敵營。甚至可以趁著天氣地配合。空投時遷這樣地人物去敵營裡放火擾亂。當然是上下一起配合。這空軍有幾百人就了不起了。等到過上幾十年能有簡易地飛機就可以大規模裝備了。
至於炮兵呢。日後籌建出來就單列一種。必要地護炮隊伍一定要有。不能重蹈凌振炮擊梁山反被擒獲地慘事。炮兵大部分會支援6軍。少部分也會安置到船上。在海上稱王稱霸。
在密州訓練地這一部分水兵有兩千人左右。問題來了。這麼大規模地人員調動不會驚動官府嗎？那是因為這兩千人招募來給官府地理由一部分是為了造船。一部分為了護航出海。再給相應地官員塞點錢財。就輕易過關了。
這兩千人裡面中有一百人是原來俊義武館培養出來的近衛軍士兵，他們都是會水的人，又經過盧俊義等人的洗腦，現在過來充實海軍的基層軍官隊伍。這些人裡面有六七十人做基層將領，有三四十人則充當各級的監軍之職。盧俊義在這裡詳細闡述了自己設定監軍之職的用意，希望他們能把在俊義武館學到的東西用出來，能夠很好的做好水兵們的思想心理工作，同時盡力協助相應級別的將領搞好軍機參贊。
這兩千人自然是成一營，正指揮是李俊，張順