往上海。
第十六師團在上海附近登陸時，日軍已佔領了上海，於是，時任日軍華中方面軍司令官的松井石根即命令該師團向南京追擊從上海撤退的中**隊。隨後第十六師團在中島今朝吾的率領下，先後攻佔了常熟、蘇州、無錫、常州、丹陽、句容、湯水鎮、麒麟門，進抵南京東郊的紫金山一線，可謂是兵鋒所指所向披靡。
對於這樣一個重兵集團，馬錚是相當重視，儘管第16師團名義上和第26師團一樣，都是師團規模的編制。但是馬錚卻清楚，這兩個師團可是有本質上的不同。
第16師團是日本陸軍甲等常設師團，採用四四制編制，戰鬥人員約15；000至20；000人，加上一師團部、兩旅團部的非戰鬥人員共28200人。由於其組成為歷經日俄戰爭以及一戰並未裁徹的部隊，成軍時間久且歷經大小戰事，戰鬥經驗以及訓練上相對紮實，對日軍來說是侵華作戰的絕對主力。
按照日軍的編制，常設師團下轄二個旅團，旅團下轄二個步兵聯隊，步兵聯隊轄有三個步兵大隊，大隊下轄四個步兵中隊、一個機槍中隊、一個大隊炮小隊，步兵中隊轄三個步兵小隊，小隊轄一個機槍組、一個擲彈筒組和二個步槍組。
此外師團還轄有一個炮兵聯隊、一個輜重聯隊、一個工兵聯隊、一個騎兵聯隊以及其他部隊。不算輕重機槍這樣的自動火力，單單火炮就有44門75mm山炮、十二門75mm野炮以及8門九二式步兵炮，如此火力比之國民政府一個集團軍都要強悍的多。
現在日軍大本營將這麼一頭強悍的巨獸調到綏察地區，這對綏察根據地來說可是一個前所未有的挑戰。與兵強馬壯的第16師團相比，馬錚所部不管是在兵力上還是在火力上都遠遠不如。更不要說第十六師團還是有第26師團、獨立混成第二旅團、騎兵集團以及大量的偽軍配合作戰。
不過馬錚對於第16師團的到來也有一點小激動，為什麼呢，因為這個師團可是製造南京大屠殺的元兇之一。第16師團之所以在中國如此的出名，一方面是因為其輝煌的戰績，另一方面便是其殘暴的行徑。
在向南京進軍的途中，該師團由於進軍速度太快，補給跟不上，便下令就地“徵收”糧秣，所謂“徵收”，實際上就是掠奪。更加駭人聽聞的是，在進軍南京途中竟然開展“百人斬”殺人比賽，這便是當時被日本《東京日日新聞》等報紙大肆宣揚的所謂“百人斬”。
此事具體是發生在從無錫向常州追擊過程中，該師團第十九旅團步兵第九聯隊第三大隊副官野田毅少尉和大隊炮小隊長向井敏明少尉，相約在到達南京時，看誰先用日本刀斬殺滿100人。
此後，兩軍官開始大肆斬殺，在到達南京城外的紫金山時，野田毅斬殺了105人，而向井敏明斬殺了106人。由於不能確認誰最先殺夠100人，所以決定重新比賽。
除了這些暴行之外，第十六師團最嚴重的暴行是發生在攻佔南京之後。
1937年12月13日凌晨，第十六師團步兵第二十聯隊佔領了中山門。當天，該師團第三十三聯隊和第三十八聯隊在輕型裝甲車的配合下，從太平門外沿玄武湖急進至南京城北的下關江邊，以截斷中**隊的退路。
下午，當第三十三、第三十八聯隊進至下關時，長江邊有大批准備渡江的中**人，江面上也有許多正在渡江的中**人。日軍立即用機槍進行猛烈掃射，一時間江水被染得殷紅。在長江邊等待渡江的中**人有些返回南京城內，避入安全區，有些被日軍射殺或俘獲。接著，日軍在長江邊將俘獲的中**人加以集體屠殺。
南京淪陷後，第十六師團根據事先制定好的計劃，對南京城內及城外東郊地區進行“掃蕩”。在“掃蕩”過程中，第十六師團俘獲了許多放下武器的中**人。
對於被俘的中國俘虜，第十六師團師團長中島今朝吾在其日記中記述說：“敗逃之敵大部進入第十六師團作戰地區的林中或村莊內，另一方面，還有從鎮江要塞逃來的，到處都是俘虜，數量之大難以處理。。。。。。基本上不實行俘虜政策，決定採取全部徹底消滅的方針”，所謂的全部徹底消滅的方針便是殺俘。
據不完全統計，單單第16師團在南京屠殺的中國俘虜就不下五萬人。尤其是日軍佔領南京後，以第十六師團步兵第三十旅團為主的南京警備部隊開始在全城搜捕放下武器的中國士兵。在次“掃蕩”殘敵過程中，第十六師團將頭上有帽痕，手上有老繭的青壯年男子從難民中強行拉走，予以集體屠殺，其