執行部門“銀礦”、情報部門“銅礦”、保護部門“鐵礦”、量子網路支援部門“錫礦”的最高領袖；馬黛兒·提摩西被稱為“銀靈”，是幽靈左手（“世界”部分）的指揮者。而布蘭登·巴塞洛繆本人被稱為“魅影”，是這龐大組織的精神領袖，主宰一切的幽靈之中的幽靈。
二十年中發生了太多事情。首先，吉爾伯奈翁造訪的第三天，小顧鐵就被“創世紀”召喚至地下洞穴見面，接著被抹去記憶送回地面，男孩的神智迷迷糊糊記不起這段往事，巴塞洛繆嘗試查閱監控錄影，發現這一切與男孩的過去一樣同樣籠罩著迷霧無法看清，他忽然醒悟這很可能是量子計算機的某種佈局，會給幽靈的未來增加若干變數，於是狠下心來將男孩送上開往遠東地區的洲際列車，讓小顧鐵遠遠離開自己身邊。
如同轉動第一隻齒輪，命運的連鎖開始發生，很快赤梟兄弟會就進入新生幽靈的視野，因為幽靈在德國找到了一名同步率高得異常的十歲女孩，就在迎接女孩的路上，一夥全副武裝計程車兵在高速公路上襲擊了車隊，使得三輛汽車接連爆炸，女孩當場死亡。巴塞洛繆利用“創世紀”的力量找出了敵人的來歷，驚恐地發現那只是冰山一角，人類社會底層潛伏著這樣一隻巨大無比的怪獸，沒人知道兄弟會從何而來，因何存在，只能感覺到它正在緩緩浮出水面。
幾年後，巴塞洛繆找到了強有力的武器，那是名為“聆聽者”的人工智慧程式，利用自己許可權內的量子網路配時，博士以“世界”的真實演變模型為基礎建立了聆聽者系統，它不僅僅可以透過海量資料分析對未來做出準確預測，更可以溝通遊戲內外的幽靈信徒，成為凝聚整個組織的中樞神經系統。聆聽者可以尋找到同步率最為契合的人類個體與遊戲人格，引導他們相遇、相識，透過某些事件將同步率進一步提高。只要同步率夠高，就算在沒有網路訊號的地方聆聽者也能向幽靈成員發出指示，它能將資訊透過無所不在的電磁波進行碎片化廣播，在人類體內的生物晶片處歸併成有意義的字串。
不過這強大的武器並非無所不能，某些神秘的規律左右著聆聽者的工作狀態，就連巴塞洛繆本人都無法完全操縱這套系統，聆聽者發出的指令似乎是完全隨機的，有時還要透過“世界”中的特定人格作為中介來傳輸。
數年後，幽靈掌握到一群特殊的人類，他們被稱為“候選者”，每個人都有著極高的“世界”同步率，身具無限潛能，聆聽者認為這些候選者將左右兩個世界的未來，因此幽靈的工作重心開始轉為保護候選者，——在兄弟會的手中拯救這些特殊個體。面對兄弟會強大的神之子部隊，幽靈的武裝力量屢屢受挫，馬黛兒·提摩西這時提出一個理論，如果在生物晶片上裝置一個過載保護裝置，使得進入第三階段的異化晶片能較長時間維持形態，就可以召喚出遊戲中的關聯人格進入現實世界，獲得遊戲中的強大能力。而這樣做的代價，就是死亡，——被延遲幾分鐘之後發生的慘烈死亡。巴塞洛繆對這種殘忍的做法略有疑慮，不過隨著戰況嚴峻，不得不預設幽靈使用逆降臨來扭轉戰局。
當發現自己的養子顧鐵是一名候選者的時候，巴塞洛繆博士心如死灰，他早就想到這種可能性，只是無論如何不想把兒子牽扯進這場殘酷的鬥爭。他發出了常規保護的指令，並未特別對顧鐵加以關照。此時形勢日趨嚴峻，gtc內部開始了一場清洗運動，將大量的幽靈成員秘密除去，長久以來幽靈以gtc總部作為根據地，利用量子網路資源執行著“聆聽者”，這場大清洗立刻使幽靈的指揮系統陷入混亂，多名高階領袖失蹤，馬黛兒·提摩西以最低調的處世姿態默默留在世界專案組內，而調任通訊處首席系統工程師的鄧波·威廉斯受到了第九處的調查訊問，他不得不在下一輪嚴密調查到來前偷偷溜走，目前隱藏在保加利亞某處小城市中，指揮著幽靈右手的日常工作。
巴塞洛繆明白大清洗不是偶然事件，是因為兄弟會的勢力已經滲透至gtc高層，起碼佔據了十二名執行委員的大半席位。戰局已經傾斜，幽靈右手成員正在逐漸失去量子網路配時，就連老人自己都被逼離gtc總部，被迫到雪山度假。而就在這時，“世界”正式發售的訊息公佈了，巴塞洛繆聽到這個訊息時，一語不發坐了下來，手撫心臟長長嘆息。就在幾分鐘前，他從鄧波那裡得知幽靈與兄弟會展開了正面戰爭，一名身具極高可能性的候選者正在戰局混亂的中非共和國遭到襲擊，而這個人，就是他的兒子，他的小顧鐵。
老人不得不做出決定。他知道一旦此時趕往gtc總部阻止“世界”發售，自己的幽靈身份