林飛不屑地笑了笑，衝部下說道：“帶他去見克拉羅斯吧。”
參謀何凱生小聲勸道：“陛下，真的要讓巴拉克總督和克拉羅斯見面嗎？讓英國人和西班牙人聯合起來對付我們，是不是不太好？”
林飛笑道：“就算我們現在不讓巴拉克總督和克拉羅斯見面，也會有別的西班牙人和英國人見面，然後來找我們，我們不讓巴拉克總督和克拉羅斯見面不僅沒有用處，反而會顯得華夏帝國不夠大度，讓我們以後的行動十分被動。”
何凱生這才明白，答應下來，帶著巴拉克總督去見克拉羅斯，克拉羅斯此時也在軍營裡，林飛給他們安排了幾個帳篷，讓他們在裡面居住，並且派了幾個戰士留在他們身邊，明為保護，暗為監視，克拉羅斯對此並沒有什麼異議，他也知道城中正在打仗，留在城中很不安全。
在何凱生帶巴拉克總督去見克拉羅斯的這段時間裡，林飛繼續指揮部隊向馬尼拉全城擴充套件，7月9日下午5點，林飛部隊佔領全部馬尼拉市區，自此，馬尼拉戰役宣告結束。
這場戰役從6月13開始，到7月9日結束，歷時27天，是整個菲律賓戰爭中持續時間最長、參戰人數最多、動用武器種類最多的戰役。
這場戰役主要分為三個階段，第一個階段，林飛使用雲爆彈攻擊西班牙守軍第一道堡壘，並派出步兵對第一道防線進行攻擊，結果雲爆彈大顯神威，西班牙人精心準備的堡壘被攻破，林飛部隊佔領第一道防線。
第二個階段，林飛使用攻心戰術，對第三道防線內的華人士兵進行策反，使得大批華人士兵戰場倒戈，這些士兵隨後成了林飛的“第五縱隊”。
第三個階段，林飛運用炮兵，炸開馬尼拉的城牆，派遣步兵部隊進入城中展開巷戰，在巷戰的同時，還派出狙殺隊、“第五縱隊”對敵軍後方進行襲擾，在多種戰法之下，林飛最終攻克了馬尼拉。
在這三個階段的戰役中，林飛部隊共殲敵12000餘人，俘敵3000餘人，繳獲大批槍支、子彈，繳獲山炮四門，炮彈若干。林飛部隊陣亡3000餘人，有1000餘人受傷，陣亡人數之所以比受傷人數多，完全是因為華夏帝國缺乏先進的醫藥和戰場急救手段。
馬尼拉戰役的勝利，標誌著華夏帝國從一個區域性小國向地區性大國的轉變，為華夏帝國成為世界性大國打好了鋪墊。
軍事角度上，馬尼拉戰役最大的亮點就是雲爆彈的使用，這是雲爆彈第一次出現在人類戰爭舞臺上，不過林飛把雲爆彈列為了華夏帝國的絕密武器，所以世界各國都不知道華夏帝國擁有云爆彈。
林飛在得知部隊佔領全城之後立刻展開後續工作，第一步就是召回獨立一團成員，重新給他們發放槍支，讓他們組建城衛隊，擔任馬尼拉城的警備工作，而林飛的主力野戰部隊，除第一旅第一團在城中留守之外，其餘全部撤出馬尼拉。
林飛這樣做的目的有兩個，一個是部隊集結在城外，便於自己統一指揮，畢竟現在桑德斯總督還帶著一些部下在逃，另一個是減少與當地人發生摩擦的可能性。
7月9日晚上6點，何凱生來向林飛報告：“陛下，巴拉克總督和克拉羅斯已經見面了，密談了良久。”
林飛笑了笑，問道：“巴拉克總督和克拉羅斯怎麼不來見我？”
何凱生答道：“那個克拉羅斯說了，在大英帝國的戰艦到來之前，他不會再見您了。”何凱生說完之後面露憂色，小心翼翼地問道：“陛下，大英帝國的戰艦要是真來了，我們怎麼應付？”
林飛神秘地笑了笑，說道：“你放心吧，我自然有辦法。”
何凱生也不多問，去忙自己的工作了，林飛則繼續安排後續事務，他派遣總參謀長李明白代表自己進駐馬尼拉總督府，然後在總督府宣佈——華夏帝國正式取代西班牙帝國，成為馬尼拉的統治者。
李明白在林飛的指示下，於7月9日晚上9點發布公告，華夏帝國馬尼拉特別市臨時市政府正式成立，由李明白擔任特別市市長，取締一切西班牙政府機構，為維持市內穩定，原有西班牙法律維持不變。
特別市市政府一成立，林飛和李明白等人都十分緊張，因為他們擔心城內的西班牙人起來反抗，就像當初武端城那樣，而且馬尼拉的人口大約有六十萬，其中華人人口僅有二十萬，西班牙人一但爆發騷亂，麻煩將比武端城大得多。
於是林飛命令各個部隊全力戒備，不過城中的居民並沒有出現大的動亂，這讓林飛很慶幸，渡過一個平靜的夜晚之後，7月10日