爾獎也決不是抵禦政治迫害的擋箭牌。
鮑林還發現，加州理工學院董事會私下裡捕前咕咕的抱怨，此時又一次演化成公開的咆哮。由於鮑林的緣故，兩名董事會成員里斯·泰勒和赫伯特·胡佛已先後辭職；此時，約翰·麥科恩這位南加州國防工業方面飛黃騰達的人物，帶頭髮難要求驅趕這個頗有爭議的科學家。杜布里奇堅定地執行他一貫採用的方針：在公開場合，支援鮑林發表意見的權利——特別是在核試驗問題上，杜布里奇本人對其軍事上的價值也持懷疑的態度——而在私下裡，對他手下這位桀騖不訓的系主任施加壓力，讓他降低一下講話的調門。
鮑林的朋友們又一次構築了為他辯護的防線。在全國廣播公司的電視上，哈羅德·烏雷稱鮑林是一位“極其卓越而又正直”的人物。他還向公眾揭露，鮑林曾因政治方面的原因被剝奪了由美國公共衛生服務處提供的資助。比德爾在加州理工學院校友雜誌上發表一篇不同尋常的文章，為鮑林辯護。他稱讚了鮑林的自主精神，痛斥安全和忠誠審查的制度。然後，他尖銳地聲稱：“加州理工學院有一位真正懂得學術自由含義的院長，為此我感到驕傲……董事會沒有在疑心病前低頭，我表示深深的感謝。”
甚至鮑林手下的辦事人員也站出來為他辯護。其中有一位秘書到當地一家百貨公司採購物品，與營業員聊天。當這位營業員得知她在為萊納斯·鮑林工作時。問道：“您是為那個共產黨分子幹活的？”
“不，他不是共產黨員，”鮑林的這位秘書答道。“如果說有人清楚的話，那我應當最清楚，因為我分管他的私人檔案已經有好幾年了。我在他的往來信件中，從來沒有看到任何材料可以表明他是一個共產黨員。”她扔下了原想購買的東西，憤然離開了商店。
鮑林此時對這一切已經習以為常了，因此，對於杜布里奇關於學術責任之類的談話也已經習慣。無論在私下裡談話，或者在公開場合發表演說，他都說得非常清楚，他不主張政治上的急進冒險主義，也不打算在加州理工學院學生中散佈左翼思想。與此相反，他勸學生們聽一聽亞里士多德的教導：“年輕人應當成為數學家，老年人應當是政治家。”
就這樣，他堅持不懈地為了和平和結束核彈試驗而奮力抗爭著。
先天性白痴
鮑林政治活動的任務日益繁重，但他仍能抽出時間從事科學研究。他親自掌管研究組蛋白質結構的課題，對核酸結構不時地提出一些修改的意見——他終於與科裡一起，對沃森和克里克的雙螺旋結構作出了他自己的貢獻：在每一對鹼基中增加一條氫鍵——同時，他最後完成了對教會實驗室進行裝備的艱鉅任務。
多年來，他一直在談論將化學應用於生物學研究可能會得到哪些發現。利用他創造的分子型疾病模型來解釋鐮狀細胞貧血症就是一例。他在斯德哥爾摩時，甚至還聽到有人議論，能不能考慮授予鮑林一個諾貝爾生理學和醫學獎，以表彰他的這一成果。他非常清楚，鐮狀細胞的研究極為重要，肯定還有許多其他疾病的治療可以得益於與此相似的分析。雖然依泰譜新近離開帕薩迪納去國家醫學研究院工作，他將非正常的血紅蛋白這個課題帶走了，但還有許多其他領域可以用分子模型進行研究。鮑林簡要地考慮了一種攻克癌症的方法，但也估計到已有許多學者在這一領地上牢牢地紮下了根。他曾想到過肌肉營養不良症，然而他最終決定還是不碰這個課題為好。
1955年夏天，他找到了自己一直在尋找的事情。他以前曾經讀過一些有關大腦生理的資料，特別關注具體分子參與大腦功能活動的方式。無意中他讀到了對一種少見的生化缺陷的論述，這是由於氨基酸中苯基丙氨酸的新陳代謝失調引起的，血液和小便中可以找到這種物質以及其他有關的成分。不知何種原因，這種生化失衡現象就會導致思維障礙。這一疾病就是後來人們所說的苯丙酮尿症（PKU）。
鮑林讀到這一材料後，馬上就想到，這種情況是因為缺少一種酶而引起的，這種酶有助於苯基丙氨酸的新陳代謝。換句話說，苯丙酮尿症是一種分子型疾病。這就是他一直在尋找的一個研究工作的切人點。也許他能夠證明這是由於一種酶的缺失引起的結果，要是能將這種缺失的酶分離出來，就可進行專門的研究、“當然，不能奢望這類研究就能馬上得到醫治這種病症的方法——我們的主要著眼點是獲取與大腦疾病的本質有關的基本資訊，這對以後尋找新的醫療方法會有很大的幫助，”他在給表弟理查德·摩根的信中這樣寫道。後者當時是加州精神病治療中心的一位