仍然只支援由少數人開展的規模不大的研究專案，希望鮑林考慮花費較少、方式更加靈活的研究專案。同時，他又指派一名官員秘密打電話給美國一些著名的蛋白質專家進行諮詢，要求他們就鮑林的攻關計劃直抒己見。專家們反饋回來的意見都表示了熱情的肯定。麻省理工學院的蛋白質專家施密特甚至還為此緊張工作了幾天。他在午餐時與一夥同事討論鮑林的計劃。為了便於作出結論，他們開始非正式地對世界上最重要的蛋白質研究中心進行排名。在隨後的幾天內，這方面的討論變成了一次全面的分析。他們以19種與蛋白質研究有關的實驗能力——從色譜法到超速分離法——的強弱為指標，對十多所學校進行排隊。透過對有關資料的統計分析，他們得出瞭如下的結果並通知了韋弗：第一是洛克菲勒研究院；第二是斯德哥爾摩的瑞典研究小組；第三是哈佛；接下來是劍橋的英國研究組。加州理工學院的排名絕對是最後一位。這不僅由於該校從事蛋白質研究的專家人數較少，而且其研究手續過於偏重衍射法和免疫化學，而忽略了其他可行的研究方法。
然而，儘管理工學院的排名靠後，施密特還是肯定了鮑林的研究計劃。“比研究方法和研究設施重要得多的是從事研究的人，”他在給基金會的信中這樣寫道，“我願意用排名緊靠在加州理工學院之前的所有實驗室的研究人員交換一個鮑林。”
於是，韋弗開始對鮑林的計劃持比較熱情的態度。但是戰爭的勝利尚未到來，他和鮑林非正式地約定，待打敗德國和日本後再進行更詳細的討論。
1945年8月7日星期二的早晨，鮑林走進理工學院附近的一家雜貨店，在報架前停了下來。帕薩迪納報的通欄標題凸現在他的眼前：“日本遭原子彈重創。”他買了一份報紙，走到店外就開啟讀了起來，忘掉了周圍的行人和嘈雜聲。頭版全部是日本遭轟炸的情況報道：整個廣島市被大爆炸夷為平地，巨大的火球，成千上萬平民的傷亡。鮑林讀後感到非常震驚。在以後的歲月裡，他永遠忘不了那天早晨的情景。
奧本海默領導的曼哈頓計劃取得了成功。而且奧本海默本人曾試圖說服他參加那個專案的研究。
廣島遭原子彈襲擊後的第三天，又一顆原子彈毀滅了長崎。過了幾天就傳來了日本投降的訊息。戰爭結束了。在隨後歡慶勝利的日子裡，鮑林除了對原子彈結束戰爭的威力感到驚奇外，並沒有對原子彈本身作更多的考慮。他的注意力集中在自己緊迫的研究計劃上。
對日作戰勝利日後一週，鮑林出現在在紐約的韋弗辦公室裡，這次他對自己先前提出的蛋白質研究的宏偉計劃作了更大的擴充。他提出要建造兩幢新大樓，裝備最新最昂貴的儀器——pH值測定儀，超速離心器，電子顯微鏡和電泳機，還要配備細菌學、藥物學、酶化學和基礎結構化學等學科的研究人員。鮑林說，只有在眾多前沿領域集中全部力量同時攻關才能解決蛋白質結構問題，而加州理工學院是開展這項研究的合適地點。韋弗終於被鮑林的推銷高調打動了。他認識到，鮑林吸收生物。醫學和化學諸學科眾多專家參與多學科交叉的研究計劃，將產生一個至今從未有過的新機構：“事實上，”韋弗指出，“這將是一個分子生物學院。”儘管所需的款項現在翻了好多番——兩百萬美元的建築費用以及15年內大約六百萬美元的研究費用，韋弗還是對這個計劃產生了“濃厚而廣泛的興趣”。
除了經費，還有另外一個問題。鮑林的計劃是建立在理工學院化學系和生物系有著緊密聯絡這一前提之下的。而當時生物系的運轉卻出現了困難。自從系主任摩爾根退休以後；他長時期的副手阿爾弗雷德·斯托特範執掌了系的領導。此人是一位優秀的科學家，但缺乏行政管理能力，並且不善與人相處。鮑林這樣描述他：“我想他對果蠅的興趣超過了他對系裡任何人的興趣。”於是，在摩爾根離開後，生物系不僅失去了一個主心骨，而且流失了一批最優秀的青年研究人員。
和韋弗會談以後，鮑林清楚地認識到，他的宏偉計劃的關鍵在於能否把生物系支撐住。他知道該怎麼做，而且已擁有足夠的權力做到這一點。
從1944年中到1946年中的兩年間，鮑林在加州理工學院擔任了重要職務。當時校長密立根已近八十高齡，差不多變成了科學界的一個老古董。他的存在代表著科學機構是為某一類人所獨佔的象牙塔的時代。戰爭改變了時代，而密立根的觀念卻依然如故。戰爭結束後，他仍然呼籲政府增加對科學“集體主義運動”的支援，公開反對聘任奧本海默，認為這樣會使理工學院又增加一