過一篇論文。
然而他也不願意撤回自己的結論。他不明白為什麼坎貝爾的實驗看似成功，而帶來的只是混亂。他覺得自己的理論是正確的。他看到的坎貝爾製造的少量人工抗體也肯定是正確的。如果這一切是錯誤的話，將會有人站出來證明這一點。
但是，在戰爭期間及戰後的許多年中，沒有人這樣做。儘管當時免疫學研究領域的頂尖科學傢俬下里對鮑林的研究工作持批判態度，並且對他的執迷不悟大為不滿，但是他們都不願公開發表他們的觀點。只有一個初出茅廬的青年免疫學家埃爾文·卡巴特敢於發表文章，對鮑林的研究結果表示質疑。他在一篇評論文章中說，鮑林和坎貝爾觀察到的是抗原和球蛋白的非特定的結合；由於坎貝爾在實驗中使用了大量的球蛋白，這些蛋白質互相糾結在一起，同時將一些抗原也拖了下來。一些資深的免疫學專家在非公開場合對卡巴特的觀點表示贊同。那麼為什麼只有他公開地抨擊鮑林的觀點呢？後來卡巴特說道，“懾於鮑林的威勢，大多數不想對他表示異議。”
科學界的沉默使鮑林的聲譽不至於因人造抗體的失敗而受到過多的影響。只有對這一領域最為熟悉的免疫學家和洛克菲勒基金會的官員才明白，鮑林在這一研究上有誇大其辭的嫌疑。
就鮑林而言，他從不認為他和坎貝爾進行的工作是失敗的。五十年後，鮑林仍然堅持他的立場：“我們確實成功地製造出了抗體——儘管非常弱，但是仍具有特異性。”
為什麼那些神奇的東西只在坎貝爾的燒瓶中出現呢？在放棄研製人造抗體多年之後，坎貝爾對自己的密友，理工學院生物系教授雷·歐文提出了一種解釋。他說，一個過於積極的實驗室助手為了得到老闆們預期的結果，而對實驗做了手腳。整個事件是由於“一些技術人員為了討教授的歡心”而發生的。
在放棄了人造抗體的研究之後，鮑林得以重新將精力投入到更富有成果的其他免疫學研究領域。從1943年開始，他回到了對更為基本的問題的研究上，並與普萊斯曼和坎貝爾一起得出了一些實在的研究成果。在此之後的幾年中，三人小組發表了二十多篇論文，對抗體二價性以及特定分子形狀在抗體和抗原結合中的重要作用提出了有力的證據。他們比蘭德施泰納更為精確地設計了合成抗原，並運用新的定量技巧來測定抗原和抗體的反應。事實上，到了戰爭結束時，鮑林實驗室就證明了抗體和抗原形狀的互補性是其互相結合的根本原因。他們的成果支援並進一步發展了埃爾利希鎖和鑰匙的思想，確切地表明抗體和抗原就像分子拼圖遊戲一樣彼此吻合著。
然而是什麼力量使它們結合在一起的呢？在對打破抗體和抗原之間化學鍵所需的能量進行研究後，鮑林深信其中並未涉及強化學鍵——共價鍵或離子鍵。他的腦海中出現了一幅新的影象。鮑林小組比較了抗體和具有特定變異的抗原之間的反應，發現抗原上哪怕是一個原子的變化也會對鍵合的力量產生顯著的影響。換句話說，這種吻合一定是極為精確的。
分子之間原子和原子的緊密接觸產生了另一種附著力，也就是原子間的範德瓦爾斯引力。範德瓦爾斯引力得名於一位荷蘭科學家，他研究了氣體中這種力的作用，並證明它非常弱——相當於共價鍵的十分之一到百分之——而且沒有針對性，幾乎任何一對彼此接觸的原子都會產生這種作用。弗裡茨·倫敦在1930年用量子力學理論解釋了這種現象，提出這是由於兩個靠近的原子干擾了彼此的電子雲造成的。鮑林在進行晶體衍射的研究時早已熟知這一種現象：共價鍵將兩個碘原子緊密地結成一個分子，而範德瓦爾斯力則將這些分子聯結成晶體。對抗體而言，相當重要的一點是，範德瓦爾斯力隨距離的增加而呈幾何級數遞減，這樣它只有在相當近的距離內才能產生作用。鮑林意識到，如果只有幾個原子在一起，那麼範德瓦爾斯力沒有多少作用，但是如果像蛋白質這樣的巨型分子的表面互相接觸，那麼總的範德瓦爾斯力就足以將兩個分子結合在一起。假定範德瓦爾斯力是抗原一抗體作用的主要因素，也意味著如果使分子互相離開哪怕是一丁點兒——鮑林實驗室發現，如果在一個抗原的表面製造一個凸起，使抗體和抗原之間的距離達到一個原子直徑的幾分之——就能顯著地削弱它們之間結合的力量。如果這種不吻合的情況更為顯著的話，抗原和抗體就會彼此脫離。
鮑林發現，由於存在這種微弱而又不確定的力，再考慮到某些氫鍵的作用以及極性相反的分子間相互吸引的作用，抗體和抗原的結合一定會具有非常特殊的形式。而且發生這種作