神宗，後又在一年一度的「京察」中因支援明吏部尚書：孫瓏，而得罪了明內閣首輔：王錫爵。
恰逢王閣老致仕（辭官）群臣們開始會推閣臣，先前由明吏部文選清吏司郎中：顧憲成，推舉明東閣大學士：王家屏，明神宗棄而不用。
他又舉薦了明吏部尚書：孫瓏、明刑部尚書：孫丕揚，被明神宗發怒而革去其職。
待顧憲成回到故里南直隸常州府無錫縣，與弟弟顧允成共同倡議重修東林書院，之後並與明揭陽縣典史：高攀龍、明都察院福建道監察御史兼廣西巡按：錢一本、明光州學正：薛敷教、明太
僕寺少卿：史孟麟、明安吉州判官：于孔兼，諸人一起講學其中，每歲一大會，每月一小會。
時士大夫懷志而為當局罷斥者，多聞風響附，學舍至不能容，講學之餘，往往諷議時政裁量人物，朝內的官員亦遙相應和，由是東林之名大著。
人稱顧憲成等辭官大臣為「東林黨」其後，明刑部尚書：孫丕揚、明南直隸吏部員外郎：鄒元標、明吏部考功清吏司郎中：**星，等人也相繼到此講學，自負氣節，願與朝廷相抗，是為東林黨之議開始。
而浙江承宣布政使司寧波府鄞縣人士，明詹事府少詹事兼翰林院侍讀學士：沈一貫，以善於奉承因此得明神宗歡心，遂入內閣，成為浙江承宣布政使司派系官僚首領，人稱為〈浙黨〉。
東林黨人以講學聯絡人士，浙黨人恃權求勝，從此東林黨、浙黨，之間互相爭鬥長達五十年。
5月28日南直隸鳳陽行都督府潁州百姓：王自簡，聚眾千人發動造反，旋即遭到官軍鎮壓。
6月20日，朝廷以明潁州兵備道副使：李驥，等俘獲王自簡等人有功，下令嘉獎，並各賞銀