，側翼的第三鎮崩潰後，直接導致張彪和黎元洪的部隊也是陷入險境，於是乎又一次大崩潰上演了，而這一次人家直接逃回了武漢。
到三月底的時候，王士珍已經是率領部隊正式進入湖北境內，準備對武漢三鎮發起總攻，不過這一次和前兩次不同了，如今武漢已經是張之洞的老巢，而且還是南方聯邦帝國所謂的首都，這要是失守了估計會很不秒。
加上近幾個月來張之洞又蒐羅了不少援軍，擴編了不少部隊，據稱圍繞武漢三鎮部署的南方聯邦部隊已經高達六個鎮，號稱總兵力已經超過十萬，而且南方之湖南、江西、甚至四川的部隊都還在源源不斷的被張之洞抽調到湖北來，但是以王士珍目前的三萬多主力，再加上沿途編練的萬把輔助兵力要拿下來估計不容易。
而且還有一個主要因素就是，南方聯邦還有海軍，南北分家的時候，大部分海軍船隻可是投向了南方聯邦，尤其是長江一帶的南方聯邦作戰船隻可不少。
武漢三鎮雖然還沒有拿下來，但是王士珍如今好歹已經拿下了湖北北部地區，這湖廣巡閱使的名頭總算是沾了點邊，而且他還插手了河南南部，不但在這些的確索取軍費而且還就地徵兵，王汝賢這個河南都督雖然有心反對但是也只能睜一隻眼閉一隻眼了，人家王士珍沒有直接把整個河南吃下來就已經夠給你王英楷面子了，至於你王汝賢嘛，想要爭地盤還嫩了點，如果沒有王英楷在後頭撐著，估計河南北部都保不住。
相對於王士珍率領的第二軍進展迅速，在湖北那邊搞的風生水起，這才三個月功夫就打下來了半個河南和半個湖北的地盤，段祺瑞的動作就要緩慢的多。
其理由非常簡單，那就是段祺瑞南下沒有鐵路支撐，這一路上除了利用運河運輸外，大部分都是依賴步行南下，加上江北和山東那邊局勢還算穩定，端方和鐵良麾下的南方聯邦之第二軍、第三軍在前期中雖然擊潰了薑桂題的江防軍，迫使薑桂題向山東退卻，但是他們短時間內也無力北上山東。
局勢還算比較穩定的情況下，加上段祺瑞一路上也忙著擴軍招兵，王士珍南下之弄出一個第八混成旅和近萬兵力的民團，他段祺瑞也是擴編了一個混成旅，並且和薑桂題稱兄道弟，又和張懷芝拉攏關係。
所以等他段祺瑞從山東南下出發的時候，他麾下的第一軍兵力比較強勢，而且也不存在王士珍和王汝賢相互不對頭的那種情況，他二月份從山東正式南下江蘇、安徽作戰，麾下第一軍轄有其嫡系的第四師、第二混成旅以及一個所謂的第四師補充旅，這個補充旅雖然喊著補充旅的名頭，但實際上是獨立編制的混成旅。
然後還有山東張懷芝的第五師、北洋旁系薑桂題之第六混成旅。
一共是兩師三混成旅，這第一軍的兵力比王士珍指揮的第二軍多多了。
但是段祺瑞面臨的麻煩也多，首先是缺乏鐵路，後勤物資非常麻煩，只能依賴運河和路上民夫進行運輸，而且南方多水網，北洋部隊相對而言重型裝備比較多，這大小火炮上百門呢，面對密密麻麻們的水網還真不好運輸，就連北洋的另外一個優勢‘騎兵’也不好施展。
同時段祺瑞要面臨的戰區也比較大，不僅僅有江蘇，而且安徽也是，這又是被迫分兵到安徽。
不過儘管有重重困難，但是也架不住段祺瑞對地盤的渴望啊，二月下旬，段祺瑞率領主力部隊在江北和南方聯邦之第二軍，也就是鐵良麾下的第四鎮、第五鎮展開激戰。
雙方激戰將近半個月後，鐵良所部損失較大，最後被迫南撤，同時段祺瑞派遣到安徽的第二混成旅也是順利攻克蚌埠。
隨著南方聯邦之第二軍、第三軍撤往南京、鎮江一帶，段祺瑞也是事實上控制了江北、安徽北部地區。
然而就在段祺瑞信心滿滿的準備渡江攻克南京和鎮江的時候，卻是在渡江的時候遭到了南方聯邦海軍艦艇的密集炮擊，損失不小的段祺瑞也是放棄了趁機擴大戰果的想法，轉而是消化現有戰果，鞏固地盤中來。
到了1907年四月份，南方聯邦各軍依舊控制著武漢三鎮、合肥、滁州、南京、鎮江、南通等長江流域的重要據點城市。而這些城市以北地區則是落入了北方共和政府掌控中，並分別由王士珍、段祺瑞等人所割據。
而到了四月份，在歷盡了前面數月的激戰後，雙方，尤其是北方共和兩軍的彈藥和軍械都消耗的差不多了，一時間王士珍和段祺瑞都是湊不出來足夠的炮彈和子彈來發動下一波大規模的攻勢，所以只能是暫停攻勢，轉而大規模向福元機器廠，嗯也就是向趙