到災難背後的始作俑者，各種神秘教派，以及讓人陷入瘋狂的古神。
第三階段是揭秘階段。
在探索完畢查爾頓市的大部分割槽域之後，玩家可以解鎖一些特殊的地圖，這些地圖大多都是隱秘之地，比如用古神子嗣進行實驗的學院、古神被發現的廢棄港口等等。
探索完這些古神相關地圖之後，玩家會再次回到查爾頓市，而此時的查爾頓市將會發生變化，尤其是大教堂會成為最終戰的場景。
在這個階段，劇情基本上得到了全面的展現，各方的陰謀被揭開，玩家也會根據之前的選擇迎來最終的結局。