，路易不幸戰死沙場。但顎圖曼帝國並無長期佔領匈牙利，反而在9月時撤軍。此時，神聖羅馬皇帝查理五世的弟弟，奧地利大公費迪南以路易的姐夫身分繼承匈牙利和波西米亞國王。雖然在匈牙利出現了爭位者，但很快便被平定。自此，匈牙利、波西米亞和摩拉維亞一直在哈布斯堡皇朝的管治之下，直至1918年。而西里西亞（今日波蘭南部）也暫時成為哈布斯堡皇朝的領地。
1556年，查理五世因為在擊潰新教力量的最後努力失敗後，查理五世就開始脫離政治生活。因此決定將西班牙王位和奧地利大公分別讓與他的兩位代理人，並讓他們各自的子孫世襲他們自己的王位，不得互傳。自此，哈布斯堡王朝正式分為奧地利分支和西班牙分支，查理五世時期一人統領王朝領地的局面也不再出現。
“李先生，要是可以阻止的話我是不希望我的家族在這個時候出現分裂的，雖然分裂後的王朝發展的好像更快了一點，但是我感覺這好像就是我們失敗的原因了。”跟誰說起自己家族的輝煌的時候都是非常的。hetiqi。的，尤其是跟李從這麼一個成功的傢伙說起來就更加的。hetiqi。了。
李從點了點頭，示意這個傢伙繼續說下去，因為自己也正在組建一個巨大的帝國，所以需要的經驗肯定是會很多的，多學習一點可是不會有什麼壞處的。
1556年，查理五世將奧地利大公之位讓與其弟匈牙利及波希米亞國王斐迪南一世，並立費迪南為神聖羅馬帝位的繼承人。但根據查理的遺囑，費迪南及其子裔喪失了繼承為西班牙國王的權利。此舉使費迪南成為了奧地利哈布斯堡皇朝的首位君主。自此，奧地利哈布斯堡皇朝統治奧地利，匈牙利及波希米亞直至1740年卡爾六世去世瑪麗婭？特蕾西婭繼承王位，歷10代君主，這二百多年亦是歐洲歷史上戰爭最多的時期。之後歐洲兩大陣營為了爭奪奧地利王位和在奧地利獲取利益爆發了奧地利王位繼承戰爭。
1504年卡斯蒂利亞女王伊莎貝拉（isabella ；of ；castile）病逝。由於，她與阿拉貢國王費迪南二世（ferdinand ；ii ；of ；aragon）所生的兒子都不幸夭折，在伊莎貝拉身故以後，女王儲胡安娜（joanna ；the ；mad）繼承卡斯蒂利亞王位。神聖羅馬皇帝馬西米連一世的兒子菲利浦以胡安娜的王夫的身分，和岳父費迪南一起監國。1516年，費迪南病逝後，胡安娜和菲利浦的兒子，勃艮地公爵查理（西班牙語名：卡洛斯；德語名：卡爾，也就是後來的查理五世）繼承西班牙（卡斯蒂利亞和阿拉貢）王位，是為卡洛斯一世，其後於1556年將西班牙王位讓與其子菲利浦二世（philip ；ii），並廢除了菲利浦及其後裔繼承奧地利爵位的權利，正式揭開了西班牙哈布斯堡王朝的序頁。
1700年，西班牙國王卡洛斯二世的去世，結束了哈布斯堡家族對西班牙歷5代的統治。在宮廷權貴的壓力下，他把王位傳給了他的姑母，菲利浦三世之女瑪麗亞？特蕾莎與法王路易十四的孫子安茹公爵菲利普（也就是後來的腓力五世），對此強烈不滿的哈布斯堡奧地利分支與英國結盟，與法國開戰，史稱西班牙王位繼承戰爭，最終西班牙波旁王朝將西屬尼德蘭、那不勒斯王國、撒丁島、西西里島以及其他一部分義大利領地歸還奧地利，以換取奧地利承認波旁王室的西班牙王位繼承權。
一次差不多的時間裡，哈布斯堡王朝的另外一個分支也不是很好，1740年10月20日，神聖羅馬帝國皇帝卡爾六世去世。卡爾和他的兄長都沒有男性後裔，因此他的長女瑪麗亞？特蕾莎繼承了他奧地利大公、波希米亞和匈牙利的王位。而他的女婿洛林公爵弗朗茨於1745年9月13日，當選神聖羅馬皇帝。此後，弗朗茨皇帝將妻子的姓氏加在自己姓氏的前面，他們的後裔都採用“哈布斯堡…洛林”的姓氏。自此，奧地利進入哈布斯堡…洛林皇朝，而弗朗茨皇帝和瑪麗亞？特里薩皇后成為皇朝的創始人。皇朝歷經數次變故，包括1806年，法皇拿破崙一世解散神聖羅馬帝國。但當時的哈布斯堡君主，前神聖羅馬皇帝弗朗茨二世早於1804年整合各哈布斯堡領地，改稱奧地利皇帝弗朗茨，以回應拿破崙稱帝。1867年，為了化解普奧戰爭失利對帝國的衝擊，奧地利帝國又改稱為奧匈帝國，對奧地利帝國與匈牙利王國實施二元統治。皇朝因第一次世界大戰失敗而1918年被推翻。奧匈帝國隨即遭到肢解，奧地利成立