劃，遊戲主要分成了拳館、夜店、雕塑美術館、療養院、城中村、公路上這幾個主要場景。
拳館、夜店、雕塑美術館、療養院分別對應著與四個boss：趙懷恩、譚子理、方泰來、馮清輝的戰鬥。
而城中村是封樹的主場，這是玩家與封樹的第一次交手，公路上則是與封樹的第二次，也是最後一次交手。
至於那個小鎮，則主要是文戲的情節，只有少量打鬥。
之前倒是也有很多人都大致猜測了遊戲流程，還以為玩家無非就是四個場景一個個地打過去，但玩了遊戲才發現，結構沒這麼簡單。
《獨步武林》的結構可以說是把遊戲中的打鬥教學機制和劇情給完美地融合在了一起。
拳館可以看成是一個教學關，這裡的結構比較簡單，boss也相對較弱，偵探解謎環節也不復雜，主要是為了幫助玩家快速上手遊戲的基礎機制，適應玩法。
而到了夜店，遊戲才正式開始。
從這一關開始，玩家要開始掌握腿法和步法，而且在打敗譚子理以後，就可以根據現場更多的蛛絲馬跡而進一步細化兇手的形象，並根據關鍵證物追蹤到兇手在城中村的住處。
在這裡，玩家可以展開進一步的調查，得知這個兇手有一條腿微跛，用了各種古法的訓練方式，而且性格極端，是個名副其實的武瘋子。
只不過對於他具體長什麼樣子，還是沒有明確的概念。
緊接著，到了雕塑美術館一戰。
方泰來的這一關會引導玩家學習特定的擒拿、摔跤和地面技術，相較於之前的拳腳功夫，這些擒拿技術本身難度和威力又上了一個檔次。
打贏這一關之後，又可以透過蛛絲馬跡以及警方的調查，有了兇手大致的模糊畫像，並指引到一個邊緣的小縣城中。
只是到了小縣城中進行了簡單的調查，卻發現沒有符合的人。把兇手的畫像拿給縣城中的人看，他們都說不認識。
此時玩家可以查到一個合影，在上面看到了封樹。
剛開始警察還以為是小縣城裡的這些人在刻意地包庇兇手，但深入審問之後才發現，原來這些人是真的完全不認為兇手和封樹是一個人。
兩個人只是看起來長得有點像，但一來，警方的影象本來就是根據目擊者的口述繪製的，兇手穿著連帽衫，目擊者也沒有看得太清楚，影象不一定特別準確；二來，眾人也實在無法將那個人儘可欺的老實農村青年封樹和絕世高手、殺人狂魔給聯絡起來。
所以，調查暫時陷入僵局。
玩家扮演的主角推測出了兇手的下一個目標就是療養院的馮清輝，於是趕過去保護，卻沒想到還是晚了一步。不過這次成功看到了兇手的臉，確實就是封樹。
習武成痴的武瘋子形象，和那個沉默寡言的農村青年形象，兩個形象在調查中逐漸靠攏、融合，各種片段不斷地閃回，最終，兇手的形象呈現在玩家眼前。
而此時主角清楚地意識到，自己不是封樹的對手。
於是遊戲又進入了下一階段：玩家需要在自己的腦補場景中，分別扮演趙懷恩、譚子理、方泰來和馮清輝，總結這些人失敗的關鍵點，反推出對付封樹的辦法，打贏封樹！
而後，才迎來與封樹的最終對決。
(本章完)