遂再接再厲，心懷一腔熱血，上疏四章京雖有異才，然恐其資望輕而視事易，需得一資望深厚、辦事穩健的朝廷重臣領之，遂力薦張之洞入主中樞統領群賢，為國效力。光緒帝信以為然，予以採納。
然而，光緒與陳寶箴等維新者的好夢剛過百日，八月初五（9月20日），一直貓在頤和園暗中觀察動向的慈禧老佛爺，從紫禁城飄來的霧影風聲中感知將有禍及自身的兵變發生，乃採取先發制人的兵家策略，於月黑風高之際，神不知鬼不覺地潛回中南海，下令囚禁光緒帝，次日宣佈訓政，捕殺維*人。時康有為、梁啟超輩均在京師，聞變，康逃香港，梁逃日本避難，得以免死。而名噪一時的軍機四章京楊銳、劉光第、譚嗣同、林旭與在維新變法中搖旗吶喊、擂鼓助威者楊深秀、康廣仁（康有為之弟）等“六君子”，俱被捕獲，斬於京師菜市口。txt電子書分享平臺
北京初會（6）
據云，當變法失敗後，譚嗣同本有機會像康有為、梁啟超一樣逃離京師，流亡海外，或到西方列強駐北京的使館避難。然而譚氏卻認定“中國的新舊兩黨非鬧得流血遍地，國家才有希望”，故有“我以我血薦軒轅”之志，並號曰：“各國變法，無不從流血而成，今日中國未聞有因變法而流血者，此國之所以不昌也。有之，請自嗣同起！”【30】當譚嗣同於菜市口走下囚車，受刑前一刻曾質問監斬官：“革新變法有何罪過？為什麼不審而斬？”監斬官剛毅答曰：“我哪管得那麼多。”揚手投去殺頭的令箭，讓劊子手持鬼頭刀上前行刑。譚嗣同的頭在被砍下的剎那，還在高呼口號：“有心殺賊，無力迴天；死得其所，快哉快哉！”
譚氏在戊戌政變前後的所作所為，特別是人頭落地前歇斯底里的狂呼大叫，令後世研究者大感迷惑，併為此爭論不休。許多年後，陳寅恪在成都燕京大學任教期間，曾對他的學生石泉談到早年家住湖南巡撫衙門時與譚嗣同的一些交往，多少道出了一點玄機。陳謂譚嗣同幼年喪母，受繼母虐待，常常跑到陳家去哭。譚後來熱情奔放，易於激動甚至偏激的性格，恐與早年家庭環境有關。按陳寅恪的說法加以推斷，譚氏在腦袋掉地之前歇斯底里的狂喊怪叫，當源於此。另據陳寅恪透露，“六君子”被斬於菜市口，只不過是以慈禧為首的後黨與光緒的帝黨矛盾總爆發的一個極端結果，其實就在戊戌政變前，慈禧的後黨已是殺機四伏，危及光緒帝的黨徒了。當年珍妃入宮前的老師文廷式（芸閣），乃有名的江西才子，榜眼出身，與陳家有同鄉之誼，且過從甚密。在甲午前後政局動盪中，是一位上躥下跳的活躍人物，堪稱帝黨中的一員干將。但隨著珍妃受慈禧老佛爺的打擊而失勢，作為黨羽的文氏亦被革職回籍。戊戌政變的前夜，慈禧的後黨採取了一個“斬足”行動，對帝黨中樞外圍黨徒先行密旨拿問。文廷式透過密佈京城的好友與徒子徒孫得到訊息，知大禍來臨，連夜從家鄉逃出，流竄至湖南長沙巡撫衙門躲避。陳寶箴深知事關重大，稍有不慎即招來砍頭滅門之罪，但念及舊情故誼，還是收留了文氏。三天後，由陳寶箴秘密安排，並贈三百兩白銀於文氏，送其潛往日本避難。文氏直到庚子年義和團事起後方返故土，此時朝廷已無力顧及他是有罪還是無罪，是帝黨還是後黨之徒，他算是躲過了一劫。【31】
文廷式僥倖活了下來，但當年搭救他的陳撫臺卻命歸黃泉了。
隨著中國近代史上著名的“百日維新”大幕的降落和楊銳、譚嗣同輩人頭落地，陳氏家族的政治生命也走到了盡頭。戊戌政變之後，因楊銳、劉光第、譚嗣同輩乃陳寶箴所薦，加之湖南為新政改革急先鋒，宇內聞名，慈禧老佛爺盛怒中於八月二十一日下達詔諭：“湖南巡撫陳寶箴，以封疆大吏，濫保匪人，實屬有負委任。陳寶箴著即行革職，永不敘用。伊子吏部主事陳三立，招引奸邪，著一併革職。”【32】
悲憤交加的陳寶箴於無可奈何中卸去頂戴花翎，黯然走出長沙城那高大威嚴的巡撫衙門，攜家帶口返回江西南昌隱居。其時妻子黃夫人早於一年前病逝，停靈於長沙，寶箴扶柩就道抵達南昌，葬夫人於南昌府城西四十里西山之下，於墓旁築建居室，名曰崝廬。其宅前後各三楹，雜屋若干楹，樓上有遊廊，可與墓地相望，環屋養鶴，澹盪遊吟山水間。光緒二十六年六月二十日，陳寶箴忽以微疾神秘去世，享年70歲。
關於陳寶箴之死因，坊間流傳多種版本，按其子陳三立編《巡撫先府君行狀》言，乃以“微疾”卒，正史多采用此說。另有一說稱為慈禧老佛爺賜死。如近人宗九奇在《陳寶箴之死的真相》一文中雲，近人戴