之間也爆發了一系列的爭鬥。魔尊厲無天惱怒之下，於是將四大魔神召喚到魔極殿，要讓他們四人重新修好。哪知道四大魔神反而一起向魔尊發動了攻擊。雖然將四人擊退，魔尊卻也受傷不輕。
這時修真界聽到風聲，於是各派出動上百名修真高手闖進魔極殿，經過一番血戰，終於將魔尊制服，並將其囚禁到天龍鏡中。
魔界沒有了魔尊領導他們，在後面與修真界的爭鬥之中，逐漸處於下風。不過魔界中人出手狠毒無比，一般修真界的人也不敢隨便招惹他們。其中東極魔神和南陰魔神最為厲害，有一次一個叫天一閣的修真門派得罪了南陰魔神，結果只過了十幾天，天一閣便慘遭滅門，天一閣所有弟子無一倖免。
修真界在四大修真聖地的領導之下，展開了對四大魔神的圍攻。魔界中許多人都被消滅了，四大魔神看到這個局面，最後決定去營救魔尊出來，不然魔界就岌岌可危了。
當時囚禁魔尊的天龍鏡放到碎夢谷的雲夢幻境裡面。一般人根本無法進去。可是魔界中人神通廣大，不知他們用了什麼辦法居然讓碎夢谷的一位大弟子投靠了魔界。在這位大弟子的幫助之下，魔界中人衝進了碎夢谷，最後魔尊衝破天龍鏡，破禁而出。
修真界知道此事後，立即聯合起來展開對魔尊的圍剿。魔尊當時魔力受損，只好殺出重圍逃了出去。
四大修真聖地率領修真界四處追捕。最後魔尊還是被修真界的人捉住了，將他囚禁到了神咒塔中。然後大家又開始分頭圍剿其他的魔界中人。軒轅城負責追捕南陰魔神。南陰魔神公然不懼，帶著手下的魔夜四使與軒轅城的弟子展開一場大戰，雙方死傷都十分慘重。最後軒轅長空與南陰魔神約定在龍天門進行一場決戰。
兩人打了七天七夜，最後雙方都深受重傷，墜入了萬丈深谷。軒轅長空墜入深谷之後，只好躲在一個山洞中療傷。沒想到靈犀宗的人首先找到了他。
靈犀宗當時也算是修真界比較大的一個門派，宗主謝東陽修為高深，法力超強，在修真界也是赫赫有名，不過他為人心胸狹窄，睚眥必報。十幾年前謝東陽的獨子謝晨風亂殺無辜，軒轅長空恰好經過看見，出於義憤便將他殺了。從此謝東陽便與軒轅長空結了深仇。
現在看到軒轅長空受了重傷，謝東陽當然要趁機加害了。軒轅長空雖然身受重傷，卻也殺了不少靈犀宗的弟子，還與謝東陽血戰了幾個小時。最後謝東陽也是身受重傷，而軒轅長空則肉體毀滅，元神被謝東陽囚禁到了龍魂石中。
謝東陽想用軒轅長空的元神進行修煉，於是帶著龍魂石出了深谷。哪知道剛走出來，一場天劫雷火突然降臨，霎時之間，謝東陽和他門下的弟子當場灰飛煙滅，無一倖免。軒轅長空因為被囚禁在龍魂石中，反而躲過了一劫。
這一場天劫雷火驚天動地，龍魂石也因此摔進了深谷之中，軒轅長空隨之暈迷過去。等到他的元神甦醒過來，已經是百餘年之後的事情了。
軒轅長空一開始悲憤莫名，最後慢慢鎮定下來，開始在龍魂石中修煉起來。經過二三百年的修煉，他的元神終於恢復到了以前的修為。他還可以控制龍魂石自由地飛行了。
大部分的修真者為了自己修煉，大都會不惜做出許多卑鄙無恥的事。軒轅長空現在只剩下一個元神，如果遇到那樣居心叵測的修真者，難免會成為別人的盤中餐。
軒轅只好遠離人群，躲到這樣一個人跡罕至的山谷之中。吸取天地元氣、日月精華，苦苦地進行修煉。他嘗試著從龍魂石中逃出來，經過多年的努力，龍魂石上面的禁制已經越來越少了，離最後破制而出也只差一步之遙了。今天他躲在地下正在修煉，沒想到卻看到了夜天冥與蕭桐的大戰，一時便忍不住出手相助。
聽他說到這裡，蕭桐也不禁感嘆不已，說道：“大哥，想不到你經歷的這些事情如此曲折離奇，動人心魄……”
軒轅長空反而顯得十分輕鬆灑脫，呵呵笑道：“二弟，你的那些經歷也是充滿了驚險曲折，說起來這一點我們都十分相似，也許這就是我們能結拜為兄弟的原因吧。”
蕭桐不禁笑了，他想了想，又道：“大哥，你剛才說有什麼事情要我做，你吩咐吧，我一定盡力而為。”
軒轅長空欣喜地道：“好兄弟，認識你真是我的福氣，不瞞你說，我是想讓你幫我從這塊龍魂石中逃出來……”
蕭桐忙道：“大哥，如果你能從這塊龍魂石中出來真是太好了，你快說，有什麼需要我做的。”
軒轅長空聞言，卻沉吟著沒有說話。