、卞範之，後先駭奔，裕復率眾力追，數道並進。玄已料裕軍難敵，先遣殷仲文具舟石頭，為逃避計。至是接桓謙敗耗，忙令子升策馬出都，至石頭城外下舟，浮江南走。裕得乘勝長驅，直入建康。
京中已無主子，由裕出示安民，且恐都人惶惑，徙鎮石頭城，立留臺，總百官，毀去桓氏廟主，另造晉祖神牌，納諸太廟。更遣劉毅等追玄，並派尚書王嘏，率百官往迎乘輿。一面收誅桓氏宗族，使臧熹入宮，檢收圖籍器物，封閉府庫。司徒王謐本系桓玄爪牙，玄篡位時，曾親解安帝璽綬，奉璽授玄。當時大眾目為罪魁，勸裕誅謐，偏裕與謐有舊，少年孤貧時，嘗由謐代裕償債，至此不忍加誅，仍令在位。未免因私廢公。謐又向裕貢諛，願推裕領揚州軍事。裕一再固辭，令謐為侍中，領揚州刺史，錄尚書事，謐更推裕都督八州，揚、徐、兗、豫、青、冀、幽、並。兼徐州刺史，裕乃受任不辭。令劉毅為青州刺史，何無忌為琅琊內史，孟昶為丹陽令，劉道規為義昌太守，所有軍國處分，均委任劉穆之。倉猝立辦，無不允愜。
惟諸葛長民愆期未發，謀洩被執，刁逵尚未得建康音信，把長民羈入檻車，派使解京。途次聞桓玄敗走，建康已為劉裕所據，那使人樂得用情，即將長民放出，還趨歷陽。歷陽軍民，乘機起事，圍攻刁逵。逵潰圍出走，湊巧遇著長民，兜頭截住，再經城中兵士追來，任你刁逵如何逞刁，也只好束手受縛，送入石頭，飲刀畢命！
桓玄逃至尋陽，刺史郭昶之，供玄乘輿法物，可見劉氏前次檄文，純系虛聲。玄仍自稱楚帝，威福如故。嗣聞劉毅等率軍追來，將到城下，玄又驚惶失措，急遣部將庾雅祖、何澹之堵住湓口，自挾一主即晉安帝。二後，一系穆帝后何氏，一系安帝后王氏。西走江陵。劉毅與何無忌、劉道規諸將，至桑落洲，大破何澹之水軍，奪湓口，拔尋陽，遣使報捷。劉裕因安帝西去，乃奉武陵王司馬遵為大將軍，入居東宮，承製行事。再飭劉毅等西追桓玄。
玄至江陵，收集荊州兵，有眾二萬，復挾安帝東下。行抵崢嶸洲，正值劉毅各軍，揚帆前來。劉道規望玄船，麾眾先進，劉毅、何無忌，鼓棹隨行。此時正是仲夏天氣，西南風吹得甚勁，道規乘風縱火，毅等亦助薪揚威，燒得長江上下，煙霧迷濛。玄所督領諸戰艦，多半被焚，部卒大亂。玄慌忙改乘小舟，仍將安帝挾去，遁還江陵。
部將殷仲文叛玄降劉，奉晉二後還京。玄再返江陵，人情離叛，沒奈何乘夜出奔，欲往漢中。南郡太守王騰之，荊州別駕王康產，奉安帝入南郡府，尋遷江陵。
益州刺史毛璩有侄修之，為玄屯騎校尉，誘玄入蜀。玄依言西行，至枚回洲，適上流來了喪船數艘，船首立著一員衛弁，與修之打了一個照面，便厲聲呼道：“來船中有無逆賊？”修之不答，桓玄卻顫聲說道：“我是當今新天子，何處盜賊，敢來妄言！”此時還想稱帝，太不自量。道言未絕，那對船上又跳出二將，拈弓搭矢，飛射過來，玄嬖人萬蓋、丁仙期，挺身蔽玄，俱被射倒。玄正在驚惶，突有數人持刀躍入，為首的正是對船衛弁。便駭問道：“汝……汝等何人？敢犯天子！”衛弁即應聲道：“我等來殺天子的賊臣！”說至此，即用刀劈玄，光芒一閃，玄首分離。看官道衛弁為誰？原來是益州督護馮遷。
益州毛璩有弟毛�В���荽淌罰�諶尾￠狻ｈ呈剮炙鐧v之，及參軍費恬，扶櫬歸葬，並派馮遷護喪。恰巧中流遇著玄船，由修之傳遞眼色，便一齊動手，殺死賊玄。看官不必細問，就可知對船發矢的二將，便是費恬、毛祐之了。馮遷既梟玄首，執住玄子桓升，殺死玄族桓石康、桓浚，令毛修之齎獻玄首，及檻解桓升，馳詣江陵。安帝封毛修之為驍騎將軍，誅升東市，下詔大赦，惟桓氏不原。
玄從子桓振，逃匿華容浦中，招聚黨徒，得數千人，探得劉毅等退屯尋陽，即襲擊江陵城。桓謙亦匿居沮川，糾眾應振。江陵城內，只有王騰之、王康產二人守著，士卒無多，徑被兩桓掩入。騰之、康產戰死。安帝尚寓居江陵行宮，振持刀進見，意欲行弒。還是桓謙馳入勸阻，方才罷手，下拜而出。為玄舉哀發喪，謙率百官朝謁安帝，奉還璽綬，所有侍御左右，一律撤換，改用兩桓黨羽，乘勢攻取襄陽等城。
劉毅等還居尋陽，總道是元兇就戮，逆焰消除，可以高枕無憂，哪知死灰復燃，復有兩桓餘孽，襲取江陵。急忙令何無忌、劉道規二將，進討兩桓。師至馬頭，已由桓謙派兵扼住。兩下里殺了一場，謙眾敗退。無忌、道規，直趨江陵。桓振令黨徒馮該，設伏楊林，自率眾逆戰靈溪，無忌恃勝輕進，被賊軍