應歸還給馬耳他騎士團，並保證馬耳他的獨立與中立；英國必須退出它在地中海和亞得利亞海佔領的所有港口和島嶼；法國應從埃及和羅馬撤退，把羅馬和其他教皇領地歸還給羅馬教皇。
這一條約的簽訂，英國深感沉重，他們沒有能夠從拿破崙手裡奪得他佔領的歐洲任何一塊地方。然而，英國並不是戰敗國，只是由於孤立，才被迫作出這樣重大的讓步。英國作為海上統治的霸主決不能容忍海上霸權的任何削弱，特別不能容忍削弱它對歐洲大陸的影響，所以，它並不準備履行和約條款。拿破崙心裡也十分清楚，英法和約只是英法長期戰爭中的一個短暫的休戰，他毫不懷疑英國會隨時出來破壞和約。他作好了再次戰爭的準備。
亞眠和約雖然只是一項停戰14個月的條約，但這項條約卻鞏固了拿破崙的權力，他得意地看到以前對他態度傲慢的英國，如今也把他當作法國政府首腦對待，他的榮耀和權力在不斷上升。一次他和秘書在馬爾梅鬆散步時，他說：“布里昂，你也將永垂不朽了！〃〃為什麼，將軍？〃〃你不是我的秘書嗎？〃〃告訴我亞力山大秘書的名字。〃秘書反問道：”哦，這倒不壞！〃拿破崙笑了。看得出，他對這番對話頗為滿意。
和平給了拿破崙餘裕。1802年1月7日，約瑟芬的女兒奧唐斯。博阿爾內小姐與拿破崙的弟弟路易。波拿巴舉行了婚禮。第二天，拿破崙出發去了里昂。在那裡，內阿爾卑斯共和國的議員們在等著他選舉總統。一路上他受到了熱烈歡迎。抵達里昂後，他受到了鄰近各省的立法團和議員代表以及義大利議員的拜謁。陪同前往的波拿巴夫人跟丈夫一起觀看了演出，同他分享里昂市為他組織的盛大慶祝活動的歡樂。26日，拿破崙如願以償地獲得了內阿爾卑斯共和國總統的頭銜，他朝倫巴第主權又大大地前進了一步。
回到巴黎後，拿破崙開始考慮制定宗教信仰法。在此之前，一派有勢力的人曾向拿破崙倡議同教皇決裂，建立一個獨立的法國天主教會，其首腦應住在法國。並指出這樣做可以使第一執政的權力大大增強。可拿破崙卻不以為然，他說：“我相信，法國一部分是要成為新教徒的，尤其是我要贊助那個傾向的話。我也確信，法國大部分仍將信仰天主教，他們會熱情百倍地反對同胞分化。我只須恢復法國原來盛行的宗教，再給少數人以宗教信仰自由，就能使每個人滿意了。〃拿破崙本人並不信仰任何宗教，但卻深通心理戰略，他十分清楚地認識到教會仍能左右群眾的情感。法國境內還有4萬名僧侶，他們對人民的心理足以發揮強大的影響。為了使自己的政權獲得強有力的支援，拿破崙決定與天主教合作。1801年7月15日，拿破崙關於重建天主教信仰一事同新教皇庇護七世達成了政教協議。一個月後，《箴言報》發表了一項告示，措詞如下：”明天，熱月27日，即8月15日（星期日）是聖母升天節，屆時，巴黎聖母院教堂和各教區教堂都將舉行感恩讚美詩歌誦會，以示廣施恩德……。〃人們不敢相信自己的眼睛，這些曾被革命風暴掃除的歷史垃圾如今重又出現在法蘭西共和國的官方報紙上，人們不由得感嘆革命早已成為往事。
1802年4月，立法院透過政教協議和教會組織條例。4月11日，莊嚴的《讚美上帝頌》在巴黎聖母院演唱，這華麗壯觀的儀式吸引著無數聽眾，拿破崙與許多將軍也驅車前往。第二天，拿破崙問起奧熱羅對儀式作何感想，這位將軍答道：“全都非常好，什麼都不缺，只少了為推翻你現在正建立的東西而死去的千百萬人。〃拿破崙頗為不悅。
拿破崙要利用亞眠和約所帶來的短暫和平來鞏固法國對殖民地的統治。早在督政府時代，聖多明各島宣佈脫離法國獨立，著名的黑人領袖杜桑。盧維杜爾在這個島上建立了鞏固的領導地位。權力日升的拿破崙決定派兵遠征此島，使其重新歸順。1801年12月，一支遠征軍浩浩蕩蕩地離開了法國海岸。司令一職由拿破崙的一個妹夫勒克萊爾將軍擔任。之所以任他為司令，是因拿破崙對他嫌惡甚深。拿破崙對勒克萊爾將軍說：“這是給你的訓令。現在是你的機會，發財去吧，別再糾纏不休地向我要錢，惹我厭煩。〃拿破崙給杜桑。盧維杜爾寫了一封言辭動聽的信函，提出只要杜桑能為聖多明各島歸還母國而賣力，就任命他為副總督。杜桑被這動聽的言辭騙到了法軍軍營，立即遭到逮捕，並被押送到法國。
拿破崙下令把他監禁在一座荒山上的一間單獨密室裡。嚴寒的氣候、殘酷的監禁、不能同親屬會面、不能散步，最厲害的虐待終於使杜桑。盧維杜爾在監禁10個月以後就