騷擾清真寺和當地婦女。拿破崙親自參加清真寺的禮拜活動，他甚至向阿訇們表示，自己也信仰伊斯蘭教，並請他們給自己講解《古蘭經》。經過多方考察，拿破崙決定在埃及各省成立行政、警務、徵稅等機構。7月27日，他以國家研究院院士及總司令的名義發出了下列命令：“第一條，埃及各個省都應成立一個由7名成員組成的政府，負責照管本省的利益，告訴我民間所有的疾苦，防止村落之間的械鬥，使用法國總督提供的武裝力量監督和懲治罪犯，並在任何必要的時候向人民釋出指示。
“第二條，各省都有！名始終受法國總督調遣的警務官。他統領60名武裝的當地人，必要時得調往各地維持秩序，導致忠順與安寧。
“第三條，各省應有1名責任監察官，監查租稅和國家歲入的徵收事宜，這種租稅和歲入過去是屬於馬穆魯克的，現在則是屬於共和國的；在監察官之下應有一些必要的經理人員。
“第四條，每一個監查官應有一名法國人充任總管，他應向中央財政部門報告，並堅決執行他可能得到的一切命令。”
正當拿破崙致力於重建埃及的政治制度時，突然傳來了法國艦隊在海上覆滅的訊息，拿破崙震驚了。
原來，納爾遜發現自己判斷錯誤以後，立即調轉船頭尾隨法國艦隊而來。8月1日，納爾遜艦隊的瞭望塔終於發現了停泊在阿布基爾灣的布律埃斯艦隊。當時，法國艦隊在這開闊浩瀚的阿布基爾水域沒有充分的防衛設施。8月