國會的議員，同樣是無恥地求靠軍閥政客，他們是借“護法”來升官發財。他們接受了軍閥的指使，提議改組政府，藉以排斥孫中山，把原來的大元帥改為總裁制，以削弱孫中山的權力。新的總裁有7人，即：孫中山、伍廷芳、唐紹儀、唐繼堯、陸榮廷、林葆懌、岑春煊。孫中山雖然包括在內，但主要權力則為桂系軍閥所控制。
孫中山處於無法再堅持下去的局面了。1918年5月4日，孫中山辭去大元帥職。“護法運動”使孫中山又獲得一次極大的教訓，他進一步認識到無論什麼派系軍閥，其本質都一樣，得出了“南與北如一丘之貉”的結論。不久孫中山離粵赴滬。7月5日，南北軍閥妥協的產物——改組後軍政府宣告成立。孫中山所參與的“護法運動”中的活動，終於在軍閥的排斥下遭受失敗。
孫中山在失敗後曾經敘述了自己的願望，也表露了沉痛的心情。他說：“民國政權已操於官僚盜賊之手。……蓋民國之名雖存而其實亡久矣。文竊痛之！當發憤欲為民國一清官僚盜賊之害，以樹立真正之共和。”他感到在軍政府時期，“艱難支撐，一年之久，孑然無助。徒為親厚所痛，仇籌所快，終至於解職而去。”他也想到有重整組織的必要，但是對於如何避免錯誤，達到目的，則仍然沒有什麼具體辦法。雖然在1919年10月把中華革命黨改為國民黨，但是也還不能進行什麼有力的活動。
1919年8月7日，孫中山在上海通電辭去總裁一職，並宣告自辭職之日起，以後軍政府