此時faa經過篩查，發現至少還有三架從紐瓦克和華盛頓起飛的民航客機也聯絡不上，只能假定它們已被劫持，這時已經能確定撞擊世貿大廈是一次有預謀的恐怖襲擊，但faa這時才發出的警告為時已晚。
9點02分54秒，另一架屬於美國聯合航空的175號航班又低低的掠過哈德遜河上空，顯然這架飛機的駕駛員技術不佳，用亞凰臺直播主持人的話說，“幾乎是擦著他的髮梢飛過去的，而且差點同目標世貿大廈南樓擦肩而過，”總算飛機調整了一下，最後還是一頭扎進了南樓78至84層處，引發了巨大爆炸，飛機發動機甚至被撞到了幾個街區之外。由於誤打誤撞導致這次撞擊點比北樓要低，所以後被撞上的南樓卻比北樓還要先倒塌。
大約二十多分鐘後，美國航空公司的77次航班，再次撞上了華盛頓市郊的美**事重鎮——五角大樓西翼，這時候有人對美國發動了一次大規模的恐怖襲擊的訊息已經傳遍了全世界，除了亞凰臺親派記者上最前線直播外，美國、英國bbc等國際知名媒體的記者也都衝到世貿中心附近，不停機的向世界各地播放世貿大廈兩棟大樓冒著濃煙，紐約居民一臉恐慌，狼奔冢突的畫面。
9點24分，正在佛羅里達一所小學校參觀的小布什總統接到訊息後，倉促發表了一通國家遭到恐怖分子襲擊的演說，正式宣佈全國進入了全面戰爭戒備狀態後，就被護衛帶進了一處秘密的防禦設施，隨後包括副總統切尼和國防部長拉姆斯菲爾德在內的大批政fǔ高官也都被疏散到各種防禦工事裡，美國白宮和國會大廈為之一空。
儘管此後有不少人攻擊美國小布什政fǔ藏頭露尾的行為是貪生怕死，可事實證明這種防備是必須和很有預見地，10點03分，faa查到最後失去聯絡的一架聯合航空公司93次班機在賓西法尼亞州尚克斯維爾東南部墜毀。
經過事後警方對機上黑匣子的調查表明，當時機上乘客得知了紐約世貿大廈被飛機撞擊的訊息，不想等死決定奮起反抗，最後在和恐怖分子的搏鬥中導致飛機提前墜毀，而根據航線判斷，這架飛機的襲擊目標不是白宮就是國會大廈！
faa立即進一步升級警戒級別，關閉其領空，禁止任何民航班機起飛，所有在飛行的班機必須立即在距離最近的機場降落，所有飛往美國的國際航班即刻改飛加拿大，這是美國曆史上唯一一次未經計劃停止所有在美商業航班運作的緊急措施，一向被兩大洋包圍，遠離了戰火襲擊的美國人第一次感到危險就在身邊，恐懼陰雲籠罩在每個美國人心頭。
而接下來一幕更是深深烙在了每個美國人的心底，上午9時59分，被撞擊較晚的世界貿易中心南樓首先開始倒塌，透過電視臺現場直播，全球億萬觀眾親眼目睹了這一震撼景象，真有“眼看他起高樓，眼看他宴賓客，眼看他樓塌了”的悲涼。
半小時後，熊熊燃燒了半天的世貿北樓儘管因為撞擊點較高、飛機速度較慢，受影響樓層防火系統剛被部分更新等原因多堅持了一會，依然無法抵擋火魔的肆虐，緩緩從上到下坍塌，倒塌引起的碎片崩落和巨大煙塵覆蓋了多個街區，讓不少旁觀者驚叫奔逃，大部分人渾身都被煙塵塗了厚厚一層，看起來就像是從地獄中爬出來的一樣，許多精神崩潰的人乾脆倒在街道邊放聲大哭，以此宣洩心中情感。
持續的恐慌和領導人暫時缺席讓美國全國上下陷入了一片混亂中，其他國家民眾也暫時拋去了對美國的不滿，幾乎一致的表達了同情和哀悼，並祝福美國人民儘快從悲傷中振作起來。短暫混亂後，美國雄厚的實力基礎開始迅速做出反應，一條條應急計劃很快出籠。
當天下午，美國宣佈全球美軍進入緊急狀態，2艘航空母艦開進紐約港，5艘軍艦駛入東海岸以震懾四方。下午4時25分，紐約證交所和美國證券交易所都宣佈從9月12日起閉市。而晚上8時30分，美國總統布什突然出現在白宮，向全國發表電視講話。
他在演說中稱，“恐怖主義攻擊可以動搖我們最大建築物的地基，但無法觸及美國的基礎。這些恐怖行動摧毀了鋼鐵，但不能絲毫削弱美國鋼鐵般的堅強決心。”總統的勇氣和講話迅速博得了民眾支援，使得這位靠爭議計票登上寶座的總統民眾支援率一下子就升到了百分之八十九的驚人高度。
緊接著這位總統會見了國家安全會議全體成員，半小時後又與高階顧問們會面。綜合各情報單位的判斷，認定躲在阿富汗的基地組織頭目本？拉登就是此次襲擊的幕後主使，政fǔ內部對於打擊在阿富汗的基地組織和包庇他們的塔利班