系的是印尼著名的恐怖組織“伊斯蘭祈禱團”。伊斯蘭祈禱團是東南亞影響力最大的激進武裝組織之一，在印尼、馬來西亞、新加坡、菲律賓、泰國均有分支，它和前世另一個更著名的組織“基地”有著千絲萬縷的聯絡，祈禱團長期將組織成員送到阿富汗參加“聖戰”，成員回到東南亞後再對各國政府和西方政治目標發動襲擊，目的是建立一個包括印尼、馬來西亞、菲律賓南部、新加坡及汶萊在內的“大伊斯蘭國家”。
此時的伊斯蘭祈禱團還沒有“911”之後被美國中情局評定的僅次於“基地”的恐怖組織的名頭響亮，但是以他們的教義和武裝，發動一次對西方人員和設施的攻擊不成問題，加上上次在泰國他們就幫助林佳娜聯絡過“北大年聯合解放陣線”，雙方有過幾次合作。在林佳娜提供資金和武器的情況下，他們很痛快就答應按照林佳娜的安排準時發動襲擊。
5月10日，風光秀麗保持著原始生態美景，很受西方遊客青睞的印尼著名旅遊勝地巴厘島的清晨轉眼間就成了各國遊客們的噩夢。隨著幾聲巨大的爆炸聲，巴厘島上最出名的衝浪聖地庫塔海灘邊十幾輛各色旅遊大巴和小汽車化成了沖天的火球，索性當時天才剛亮，街上行人很少，車子裡也沒有乘客。只有幾名過慣夜生活，剛泡完酒吧出來的外國遊客被殃及池魚，被爆炸後的碎騙劃傷，其他倒沒有別的傷亡。
還沒等當地軍警回過味來，巴厘島另一處風光聖地金巴蘭海灘邊的一處大型購物中心又傳出被安置了炸彈的訊息，警察連忙緊急疏散購物中心的人群。等購物中心被清空後不到5分鐘，購物中心三樓的飲食區裡傳來一聲巨響，頓時火光沖天，爆炸產生的巨大氣浪把鄰近一家酒店的幾層外牆玻璃都全部震碎了，傾斜而下的“玻璃雨”讓圍觀的人群嚇得狼奔豸突，不少遊客和警察沒被炸彈炸傷，倒是逃命時扭傷跌倒的不少。
接下來這一天，巴厘島全境接到了十幾起炸彈預警，讓島上的軍警疲於奔命。雖然大半被證明是虛驚一場，但還是有幾處真的發生了大爆炸。總算對方總是提前預警，印尼軍警對此不敢掉以輕心，無論真假都馬上疏散人群，才沒造成更大的傷亡。但島上的遊客和居民都陷入了極大的恐慌之中，生怕他們是下一波的襲擊目標，紛紛如驚弓之鳥般要求當地政府採取措施保護大家的安全。警方雖然信誓旦旦的保證一定要嚴加追查，但連他們自己都覺得這個曾諾不現實。
對方每次預警前都主動承認由“伊斯蘭祈禱團”負責，“伊斯蘭祈禱團”是什麼樣的人，印尼軍警最清楚。“伊斯蘭祈禱團”是印尼政府多次鎮壓都未能消滅的印尼頭號恐怖分子他們是一群亡命之徒，講究建立純正的“伊斯蘭教國家”。巴厘島西方遊客眾多，又是印尼國內唯一主要信奉印度教為主的地區，一旦涉及到國際和宗教問題，都是極為敏感的政治話題，巴厘島政府對此十分頭痛，只能向首都雅加達求助。
可是雅加達方面這天也在為國內同時出現的兩大襲擊事件亂作一團，根本無暇他顧。5月11號巴厘島大爆炸後一天，印尼國內分離主義最嚴重的兩個地區——亞齊省和東帝汶省同時爆發了多宗襲擊當地軍警的嚴重事件。印尼亞齊省是荷蘭統治印尼時，殖民者唯一沒能全部佔領的地區。當地經濟落後但民風彪悍，反抗外來統治者的意志十分堅定。
二戰後，被日本人趕跑的荷蘭人還企圖重新將印尼歸入自己的版圖，1945…1949年新生的印尼共和國和荷蘭殖民者進行了長達四年的獨立戰爭，亞齊是首先完全獨立的地區。因此亞齊人對自己的獨立地位非常自豪。印尼獨立後亞齊雖然自願加入了印尼聯邦，但這些年亞齊內部的獨立意識逐漸抬頭，印尼中央政府只好對該地區採取恩威並舉的措施。一邊宣佈亞齊為高度自治地區，一邊派遣大批軍警進入亞齊，大力鎮壓該地的獨立傾向，而亞齊當地的武裝反抗也愈加激烈，其中最出名的一支獨立派別武裝就是“自由亞齊運動”。
東帝汶的問題則更加複雜，1975年之前東帝汶都是葡萄牙殖民地和託管地，可以說除了和印尼的西帝汶省接壤外，二者間並沒有直接關係。二戰後世界民族獨立運動興起，加上葡萄牙國力衰弱，無暇顧及它在東方的這塊殖民地，東帝汶趁機宣佈獨立，這其中獨立武裝中比較有代表性的是東帝汶獨立**陣線（簡稱革陣）。
1975年11月革陣宣佈獨立，12月印尼就趁機出兵佔領了東帝汶。印尼這種趁火打劫的行為受到國際社會和聯合國的一致譴責，但當時的執政者蘇哈托沉醉在開疆拓土的榮譽中，他又正處在軍事強人執政的頂峰，於