約定三校合併以後，由三校校長輪流擔任聯大校長，但蔣夢麟和張伯苓主動讓權，跑去重慶擔任其他公職，讓梅貽琦安心的管理西南聯大。
梅貽琦後來要辭去校長職務，擔任總務長的鄭天挺苦心挽留。因為包括鄭天挺在內的其他管理者，都是來自北大的，清華的梅貽琦一走，西南聯大就成了北大一家獨大。
為了保證校治民主，避免一言堂，鄭天挺不僅勸留了梅貽琦，還懇請南開和雲大的老師務必加入校務委員會。
西南聯大從中期開始便是清華、北大、南開和雲大聯合治校，當然，雲南大學屬於輔助性質。因為聯大和雲大隻隔一條馬路，雲大師資力量不足，便邀請了很多聯大教授兼任。雲大當時勉強算西南聯大的一份子，只不過行政和資金獨立而已。
眾人聊了一會兒學校的情況，梅貽琦就親自帶著周赫煊出城，沈履則留下來繼續工作。
西南聯大的真正管理者，不是校長梅貽琦，而是總務長沈履。奈何學校實在困難，沈履很快就要撂挑子不幹，接任者正是鄭天挺，西南聯大全靠鄭天挺苦撐才能堅持到抗戰勝利。
順便一提，沈履是錢鍾書妻子楊絳先生的堂姐夫，威斯康辛和哥倫比亞大學的雙料碩士。
卡車很快駛出昆明大西門，梅貽琦指著遠處說：“剛來昆明的時候，聯大租借昆華農校的校舍教學，新校舍雖然已經建成，但還有一部分師生留在昆華農校。新校址在那邊！”
西南聯大的校址就在後世的雲南師大，說是校舍，其實看著就是一棟棟農村宅院。
校舍是梁思成、林徽因設計的，初版設計圖是幾棟西式大樓，由於資金困難，不得不修改為三層磚木結構。三層很快變成二層，建成時變為土牆平房，聽說每改一稿，林徽因就要落一次淚。
唯一值得肯定的地方，大概就是校舍採光很足了。沒有玻璃，直接在土牆上掏大窟窿當窗戶，再弄幾根木條支撐做窗欞。
房頂是鐵皮的，過不了多久就要換成茅草——鐵皮可以拿去賣錢籌集經費。