堅持了自己在沿海設治的主張，鑑於打狗的位置在安平以南，沒有被清軍利用的可能，陳永華預設了他的要求………以刑官柯平之子、娶了朱成功養女柴氏為妻的大將軍儀賓柯鼎開為首任鳳山知縣，此時鳳山共有戶口五千戶，境內分為四里，另有番社十四。
當然地方政務只是鄭克臧參與藩政的一部分，鄭克臧更多的精力集中在整軍之上。此時鄭軍除童子軍一鎮和勇衛軍四鎮以外悉數殘破，個別的鎮甚至只有不到百人的殘餘兵員，已經到了不加以整頓不可收拾的地步。
於是鄭克臧請旨以劉國軒為總督，總管陸師整編，進一步裁撤殘破各鎮，分置汛兵，到了五月中，陸師初步整頓完畢，此時鄭軍主力除童子軍以外包括勇衛軍四鎮在內尚有二十九個衛、鎮計二萬餘人，另外還有三千五百名官兵分為二百五十九個汛，分守諸羅、鳳山等地戎鎮社番、綏靖地方。
五月底臺灣突降冰雹，以上天示警與民生息為由，鄭克臧說通朱錦再釋五千老兵返鄉耕種以加強明鄭政權對東寧各地的控制，至此鄭軍陸師的兵力最終限定在一萬五千人，不過童子軍逆勢擴大為兩鎮四標十六營約計三千人，其中半數為黑人奴軍。
除了對陸師進行整頓以外，鄭克臧還委任宿將林升為�