這一年的十一月，島津家編組了一支有二十七隻安宅船、關船的“龐大”船隊，並招募了浪人在內的四千軍勢，浩浩蕩蕩的殺向琉球。
薩摩軍的討伐尚未取得幕府許可時，明鄭在長崎的商館便已經得知了相關情報，因此伏波艦隊一部在風期之後便對薩摩諸港口實施了監視，等待島津家出航，船隊還剛剛駛入口之島以南的薩南諸島海域，鄭軍的通報船已經把訊息傳回了東寧。
再度巡視臺灣各縣的鄭克臧在淡水得到島津家出兵的訊息，稍加權衡便指示水師應戰，不過當時伏波艦隊的主力不是在閩粵兩省巡邏便是加強在舟山一線充當快速運輸船，根本沒有太多的力量可以抽調出來，不得已，林升便命令基隆隊升帆出擊。
主要承擔教學任務的基隆隊在三省攻臺之後也逐漸鳥槍換炮了，雖然依然保留了大量的鳥船、福船、沙船作為教訓用船，但原來充作軟帆船教學之用的兩條獨桅縱帆船卻早換成了廣南分艦隊替換下來四條四千料鐵骨炮船………正雄心勃勃準備籌劃將基隆隊升格為水師學堂分艦隊的黃初旭正愁沒有機會，如今島津人送上門來自然是笑納不已的。
永曆四十四年十一月二十六日，黃初旭親率四條雙帆炮船和三條通報船直趨琉球，在與論島、伊平屋島、野甫島、屋那霸島海域與薩摩藩的船隊遭遇，戰事的過程自然不用冗述了，使用鄭軍慣用的群狼戰法的鄭軍一連擊沉、擊毀安宅船六隻、關船十四隻，薩摩人只有七隻帶傷的船奪路分別靠上週邊島嶼，其中只有兩隻船三百餘人安全抵達琉球本島，其餘的則擱淺在伊江島等附屬島嶼上，最後或被鄭軍俘獲或活活的餓死在荒島之上。
僥倖逃生的三百餘薩摩軍登陸之後，不甘失敗的他們一路煊赫前行，攻擊沿途按司，卻是嚇住了一部分琉球人，琉球山北（注：琉球本島分山北、中山、山南三部分史稱三省）重鎮今歸仁城也陷入了島津家的手中。
得到汛報的琉球朝廷驚慌失措，馬良智及毛恩壽心急之下親自前往明鄭國信使官邸求援。何之洲遂派人向海戰得勝後回到那霸洋麵耀武的基隆隊方面通報，鬧了個大紅臉的黃初旭便率隊重新北上，在名護城卸下四百學兵準備迎戰。
薩摩軍不知道鄭軍去而復返，準備用三百人創造奇蹟的他們在把今歸仁城糟蹋得不成樣子之後便拍拍屁股一路南下。結果才行進了一天，便在通往羽地成和名護城的分岔路口一頭撞上了鄭軍的水兵隊。雖然鄭軍參戰的大多是十幾歲的年輕水兵和候補武官，但是初生牛犢不怕虎，再加上又之前的海戰中剛剛得勝的，因此一個個士氣爆棚、戰意高昂。反觀薩摩軍雖然得到了短暫的休整，但一方面喪失計程車氣不是那麼好恢復的，另一方面成為孤軍的他們也丟掉了至關重要的火藥及其他軍火補給，所以在面對鄭軍時情不自禁發生了騷亂。如此一加一減，戰鬥的結果自然不言而喻。當戰敗四散的最後一名島津足輕倒在琉球人的圍攻下後，這場決定琉球未來歸屬的戰鬥就此落幕。
得勝的琉球方面忙不迭的廢除了對薩摩的最後一點年貢，並且宣佈廢止薩摩強加給琉球一方的《誓文十五條》。不過琉球方面要求明鄭方面支援其收回被薩摩割走的奄美大島的要求卻被當時主力部隊尚在浙東作戰的明鄭方面所拒絕。
至於薩摩方面只要當年的十二月底才從長崎的明鄭商人口中得知了遠征軍全軍覆沒的訊息，吃了大虧的島津人自然不幹，除了在全領召集兵馬以外，還再度派人前往江戶要求幕府主持公道，趕走長崎的明鄭商人、沒收他們的財貨以賠償薩摩的損失。
看到薩摩的實力被削減，對外樣大名甚不放心的幕府自然是暗自高興，再加上絲割仲間的三都商人集團的強烈反對，因此幕府並不願意出面跟明鄭方面鬧翻了，而且被福壽膏弄壞了腦子的將軍綱吉為了求得子裔接連發布《生類憐憫令》，更不準日本境內出現刀兵血煞，所以薩摩的請求最終石沉大海。
見到幕府不願為己做主，薩摩藩恨得牙根癢癢的，於是在永曆四十五年二月初策動了第二次對琉球的討伐，但是薩摩的運兵船根本出不了佐多岬，不但運兵船出不了佐多岬，就連在薩摩灣內通行的商船以及漁船都遭到鄭軍的隨意炮擊，島津人雖然極為憤憤卻也無可奈何。既然大軍無法出動，自是不能長期保留著浪費糧食，更何況幕府還虎視眈眈準備糾錯，所以在僵持了一個月後，島津家只能無矢而終的放棄了對琉球的征討。
島津家見無法派兵下海、幕府又不理不睬，於是派出浪人在長崎作亂，接連砍傷明鄭商人，就連鄭明等人的府邸也遭到騷擾對此已經從大陸抽回手來的