，畢自嚴開始一系列的改革，如檢查軍餉虛冒，清查天下各處隱田等，正是在畢自嚴嘔心瀝血下，大明財政才堪堪維持，並且出現復甦之跡象。
怎料皇太極及後金軍幾次入關，大明財政迅速惡化，畢自嚴的心血也一瞬間化為烏有。崇禎四年，兵部尚書梁廷棟請求崇禎再增田賦，再舊增五百二十萬兩基礎上，再增一百六十五萬兩，崇禎無可奈何，只得應允。
畢自嚴上書道：“如今天下百姓已到家家懸斧之境地，怎可再增？”
此時的崇禎也是無可奈何，每一次後金軍入關洗劫，都給大明王朝巨大的打擊，而內部流寇四起，哪一處不需花銀子？
崇禎六年，青浦知縣鄭友元沒有完成稅收任務，畢自嚴念與其有舊，給予袒護，不料被言官彈劾，崇禎大怒，將畢自嚴下獄問罪，幸得朝中好友營救，在牢中呆了半年，做才出獄。
崇禎八年官復原職，然而這時的畢自嚴已經體弱，無法為國盡力，於是告老還鄉，後於崇禎十一年死於老家，享年六十九歲。
不得不說畢自嚴是明朝後期非常傑出的理財專家，如若不是畢自嚴的精心打理，崇禎朝早已財政崩潰。