卿當時手中既無吏部之批文，又無朕之手諭，你怎能認命官職，而且認命的人中，大部分都還是高昌人？”
侯君集道：“當時情況有變，突厥兩萬大軍直撲高昌，殺向輪臺，雖為我軍所阻，然人心浮動，恐生變亂。在這種情況之下，微臣便擅自任命了各城城主。這些城主皆是原先高昌的官員，職位不高，威信不夠。微臣之所以派他們為城主，便是存了用完棄之的念頭。此事從權，還望陛下恕罪！”
李世民聽完這個解釋，心頭稍稍滿意，口中說道：“雖是如此，但侯卿家你確實逾矩了。朕還是要處罰的！唔，這樣吧，此事先且記下，等你的第一件事查清楚之後，再行處置。若是那那日你從高昌皇宮之中搬出來的是美酒，此事便可作罷；可若是你從高昌皇宮之中帶出的是財物，那兩事並作一處，一通處罰！”
聽了李世民的話，侯君集心中頓時閃過一絲不安，但若是不答應，豈不是就不打自招了，只好抱拳道：“微臣遵命！”
李世民見狀，也不再對侯君集說什麼，一揮手：“走，眾卿家隨朕瞧瞧士卒們的操練情況！”
由刑部和大理寺組成了調查小組成立了，專門負責調查侯君集是否真的從高昌皇宮之中劫掠出財物。
由於此時此時的侯君集是左衛大將軍兼著兵部尚書，位高權重，為了便於調查，李世民特地給調查小組一本手諭。
調查小組在廣泛走訪了那些曾在高昌城中參與劫掠計程車卒和憲兵營計程車卒，最後問道陸雲的時候，陸雲道：“在下並未親眼看見那些大箱子，何談知曉裡面裝著什麼。當時情況危機，在下便採用了侯大將軍的言語，以穩定當時