，除水戰特用的鉤拒等武器外，凡陸地上作戰使用的弓弩、長短兵器、火攻用具等無不皆備。水上戰鬥時遠則以矢弩交射；近則以鉤拒、五兵進行攻守格鬥，實施猛烈的衝角戰和船舷戰；一旦有機可乘，便施以火攻。水軍不僅僅擔負水上作戰的任務，它實際上是江南水澤地域的綜合性兵種，除水上戰鬥外，登岸野戰、攻城守險等無所不能，戰於水上則相當於車、騎，戰於陸上則相當於步兵。例如，南平百越時動員樓船士五十萬，既完成了水上作戰任務，也完成了陸上作戰任務，對開拓和統一嶺南廣大地區發揮了重大的作用。秦始皇第五次出巡天下時，曾一度在水軍的護衛下，長途航行於海上，並親手以連弩射殺巨魚。這說明秦代的水軍已經具有海上作戰的能力，有效地控制著東部沿海的海防。
秦代軍隊的平時編制，大體和統一前的秦軍相同。由於歷史資制的不足，具體編制情況很難做出準確無誤的判斷。一般說來，步兵的編制分為六級，即：五人為伍，設伍長一人；二伍為什，設什長一人；五什為屯，設屯長一人；二屯為百，設百將一人；五百人，設五百主一人；一千人，設二五百主一人。其中，“二五百主”也稱“千人”，已屬中級軍官。騎兵的編制，以秦始皇陵出土的兵馬俑情況看，很可能是四騎一組，三組一列，九列一百零八騎為一隊，並能屬戰車六乘。這和《六韜·均兵》篇所說“五騎一長，十騎一吏，百騎一率，二百騎一將”的編制，大致相近，但有所不同。車兵的編制，從秦始皇陵出土的兵馬俑情況看，沒有步兵配合時，每八乘為一偏（即一行），二偏十六乘為一組，四組六十四乘為一隊。這和《六韜·均兵》篇所說“五車一長，十車一吏，五十車一率，百車一將”的編制，也是頗為接近的，但有所不同。當有步兵配屬時，則以兵車一乘、甲士三人，步卒八人為一個基層單位，六乘為一組，十八乘加指揮車一乘為一隊。這和春秋時每乘兵車步年多至七十二人的編制大不相同，其原因就在於兵種的發展和車、步的分離。春秋是車戰的鼎盛時代，以車為主，車、步合編，隨著戰爭的需要和兵員的擴充，車屬步卒由十人、三十人……一直增加到七十二人。進入戰國以後，步兵成為獨立的兵種，並取代車兵而居於主導地位，車、步、騎逐漸按兵種分別編制，因而車屬步兵愈來愈少。到了秦代，車、步、騎分編已成定製，作戰時的配合是兵種的協同而不是編制的混合。所以，車、步合編的現象已不多見。合編時每乘步卒減少到八人。關於秦代水軍的編制，無文獻可證。從有關情況分析，很可能和步兵相仿，例如《史記·張儀列傳》所載，秦的巴、蜀水軍，用“舫船載卒，一舫載五十人”，每舫即相當於步兵的一個屯。所謂“舫船”，即兩船相併。因為一隻船載二十五人，不是一個編制單位，所以才合併起來載五十人。再如，《華陽國志·蜀志》所載，“司馬錯率巴蜀眾十萬，大舶船萬艘，米六百萬斛，浮江伐楚”，每艘即相當於步兵的一個什。所謂”大舶船”，實乃“太白船”的音誤，是一種較小的船，所以每船僅載十人。這兩條史料表明，當時的許多水軍，實際上即經過一定水上訓練的步兵，所以其編制與步兵相似，以適於水、陸兩用作戰。當然，水軍的編制，也有自己的特點。如《太平御覽》卷三一五引《越絕書》所載越國的水軍，“大羿一艘廣丈六尺，長十二丈，容戰士二十六人，棹五十人，舳艫三人，操長鉤矛、斧者四，吏、僕、射、長各一人，凡九十一人”。這裡僅操舟水手即達五十三人，佔總編制的一半以上。這種編制方法和特點統一後的秦代水軍也予以繼承和發展。不過，一旦登陸作戰，大量的水手也同樣要轉化為步兵參加戰鬥。因此，古人強調“船軍（即水軍）之教，比陵軍（即陸軍）之法，乃可用之”，這說明水軍的編制以及訓練等等，都是和步兵頗為相類的。
秦代軍隊的戰時編組，是在平時編制的基礎上，組建為大規模的作戰部隊，一般稱為部曲制。其具體編組的方法是：首先根據作戰物件等各方面情況，確定總兵力，任命三軍統帥（即大將、上將軍，也泛稱為將）；在統帥之下，根據作戰的需要和總兵力的多少，分設若干個將軍（四副將、裨將軍，也泛稱為將軍）；每個將軍統率苦幹個部，部的長官稱校尉，即一部一校；每個部下設若干個曲，曲的長官稱軍候，即一曲一候；曲以下即平對軍隊的編制，如步兵的千人（設二五百主），五百人（設五百主）、百人〔設百將）、五十人（設屯長）、十人（設什長）、五人（設伍長），以及數量不多的車兵和騎兵。自五百主以上，各級指揮官都設有自己的親兵衛隊，大約佔其所率總兵力的十分之一，如