而安徽各府縣則向安徽巡撫衙門負責，後者再向江淮經略衙門負責。以此將江蘇長江以北和安徽各府縣整合，避免軍政各出一頭，錢糧人力資源過多損耗。
有關江北各府縣實際人丁和耕地田畝正在統計中，不過因為這些府縣的官員大多是投降過來的清朝官員，大小衙門效率運轉不高，故而很難在短期內將統計數字上報。
葛義以武將居江淮主官，對政務處理根本沒有經驗，很多事情不知道怎麼辦，不得不依靠那些降官處理，這讓江淮經略衙門無形中又成了一個充斥降官的衙門，有些府縣的官員連年號都弄不清楚，南都到底是哪個皇帝也不知道，天真的以為是跑到西南的永帝又回來了，於是來往公文中大量出現永二十年字眼。這讓周士相哭笑不得，急令留守廣東的大學士宋襄公，馬上從已在廣東各地有了實際政務處置經驗的學官中挑選優秀人才送到南都，先行發分到各地應急。同時將組建金陵大學堂的計劃提前，先組織培訓一批半年期的短學制學員應付控制區擴大、卻無足夠人才治理的大難題。
軍帥府內，包括丁之相和袁廓宇這兩位在朝堂上的大學士，都曾向周士相委婉提出暫緩清欠，從江南士紳中選出新官分派到各地，替換那些清朝降官，以便最大程度控制這些地方。周士相卻說長痛不如短痛，不納此議，反令張長庚和蔣國柱加快清欠，至少要保證搜刮出可長期維持十萬太平軍的錢糧。
拿下了杭州的蘇納也接到了搜刮錢糧的命令，只是鑑於浙江南部尚有三府未能拿下，攻入浙江的第六鎮兵員不足，若地方有變，單憑第六鎮可能無法及時平定，所以周士相不準蘇納在浙江搞清欠，而是要他借通虜名義查抄那些富紳。同時蘇納在杭州滿城獲得的大量財富也往南京啟運，以為軍費。
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