再者，扶綱等人當初回國之後必立即證明永曆冊封周士相為齊王事為真，這件事也已表明他們的態度。至少，不管是出於何種目的，這批永曆朝官們是真心希望周士相能夠掌舵大明這艘已經破爛的大船的。
雖然這批永曆朝官們或多或少存在著種種問題，並不符合周士相心目中的“新官員”形象，掌握的治政能力也仍待提高，但他們的資歷和態度卻是周士相現在不得不倚重的。
現在經由廣東培養出的那些官員們大多太過年輕，冒然提拔他們入“中央”理事，有些拔苗助長。
周士相不會拔苗過急，他有耐心，也有時間，等著年輕人一步步成熟，一步步取代舊官員成為新興大明的骨幹力量。
他自己就很年輕，今年也不過34歲。
庫部由原戶部分拆而來，主掌理財諸事。原太平軍公庫及各地銀庫皆歸入庫部主管，並負責糧票發行事宜。庫部尚書人選在公佈之後，引來了不少非議，因為擔任庫部尚書的正是原永曆朝廷內閣首輔馬吉翔的女婿楊在。
楊在和馬吉翔還有皇親王維恭是“咒水之難”唯一倖存的三位明朝官員。馬吉翔在四川遭亂軍所殺，王維恭則在桂陽光復之後隨王皇后等前來南都，並無實際差遣在身。
永曆被吳三桂安置在貴陽後，楊在曾奉吳三桂之命前往湖廣欲說服忠貞營奉表永曆。不過吳三桂萬萬沒有想到，楊在卻是一去不回頭了。
楊在從湖北進入湖南，向太平軍時任湖南巡撫趙四海表明身份，隨後就被趙四海送到南都。
見過楊在之後，周士相覺得此人頗有理財之能，故讓其在銀庫任職，表現頗是出色，不僅穩定了江南物價，還成功在江南推行了糧票，建立了由省到縣的各級銀庫分支，堪稱人材。
這次庫部成立之後，周士相第一個想到的庫部尚書就是楊在。雖然當年楊在和其岳父馬吉翔做了許多有損國家之事，但任人為才，加之這些事情也並非楊在本意，所以對於楊在的任命是周士相破格了的。
工部尚書是原湖廣總督張長庚，戶部尚書由袁廓宇兼領，丁之相則繼續治刑部事，禮部也仍由洪育鰲主持。
樞密院下設的審計院和裁判院以及大理寺三個衙門的主官一律稱院使，品階為正三品。
宮務院主事稱院長，品階為正二品。下轄太常寺、太僕寺、光祿寺、翰林院、鴻臚寺、尚寶司六機構都為正四品機構，其中尚寶司由原司禮太監潘應龍主持。原宮中大小衙門機構全部裁撤，各項職事都由宮務院協調。原送水、洗衣、清掃等事，則由順天府承辦。
樞密院攝政由周士相親領，晉親王李定國、順親王李來亨、閩親王鄭襲三人為輔政。
輔政以下樞臣38人，文臣有潮國公郭之奇、瓊海侯宋襄公、州山侯張煌言三人，其餘都為軍隊將領。如南海侯葛義、德慶侯鐵毅、新豐侯邵九公、新會侯趙四海、香山侯蔣和、新安侯蘇納；歸安伯齊豪、定安伯邵成國、定朔伯李鳳鳴、靖安伯王輔臣、平虜伯王有喜、定南伯朱慶來等。
慶陽王馮雙禮、鞏昌王白文選也為樞臣，另有11位隆武和永曆時期冊封的勳爵亦為樞臣，其中4人為忠貞營出身，3人為大西軍出身，3人為鄭軍出身。
憲令定製樞密院樞臣120人，現在卻只有三分之一，另有近80席虛位以待。
憲令改制之後，除定武朝廷直接冊封承認的勳爵，其餘公侯伯爵一律不再承認。此項政策一下就剝奪了130餘位爵爺的爵位，不可謂不大膽。不過，政令一下，那些被削爵之人卻是無一敢鬧事，皆因太平軍的軍制改革已經基本完成，這些被削爵之人大多被剝奪了兵權，無法串連反抗。
況且，他們本身就沒有多少兵馬，如一些在廣東接受改編的公爵、侯爵，部下的兵馬還不如太平軍一個千戶帶的多。如今大勢已明，太平軍兵強馬壯，周士相又是殺人絕不含糊之人，故縱使給這些當初的“散兵遊勇”十個膽子，他們也不敢鬧事。
朝堂之上的改制基本照周士相的意思落實了下去，郭之奇也好，定武帝也好，都沒有阻撓改制。一來他們清楚，這件事他們根本無力阻止。二來，周士相已經告訴他們，改制之後，他就會領軍北伐。
郭之奇不是秦檜，定武帝也不是宋高宗，雖然私底下都有些小手腳，但在北伐這件大事上，皇帝和首輔心思卻是相同的，那就是不管周士相再如何跋扈，再如何有不臣之心，他們都不能因此破壞北伐，落下千古罵名。
帶隊前往南昌的大學士丁之相和副使萬年策聯名上奏定武帝