璟大部份都從原遼南各部勢力之中，由遼南各部自己挑選任用，只有少數文官，由李璟派任。另外，都裡鎮的一個廂還有遼南的兩個廂，大部份軍官，也都是原來遼南人馬中提拔任命。
按李璟的計劃，遼南的三個廂十五個營，都裡鎮一個廂五千兵馬繼續鎮守都裡鎮，兵馬劃為一個軍鎮。另外遼南的兩個廂一萬人，每營又單獨劃為一個軍鎮，級別屬上鎮，分別駐守在遼南五個縣的各處境內的山城和險要石寨之中。
在此同時，李璟沒有直接分開的是，鎮東軍此次也將佈置不少兵馬在遼東，在長興諸島、長山群島，就將各駐兩個水師的一部兵馬。另外在巍霸山城四城，也都各將駐守鎮東軍的一個營。總的計劃，鎮東軍將向遼南之地移駐地五千兵馬。既是加強遼南防禦，也是為監視剛整編的一萬遼南各部兵馬。
李璟聽用李振的提議，對於遼南五個縣的縣令、縣丞、縣尉、六曹等職，還有兩廂十營以及十個軍鎮的官職，李璟並沒有直接任命。而是讓遼南原來的各部人馬自己推舉。
這樣做一來是因為原來各部的兵馬加起來，零碎的早超過了三萬人，這一下子整編成一萬人，官職就僧多粥少了。李璟不論怎麼任命，最後總有輪不到的，那時肯定就會對他有意見。現在李璟讓他們自己選，全憑本領和威望，選不上的，對他的意見畢竟就會少些了。
兩個廂的兵馬使之職，最後被石城城主石守誠和石人柱港城的姜舉拿下。遼南除了都裡鎮、卑沙，青泥城外。也就這兩個勢力最強。都擁有過萬兵馬。現在推舉。最後自然是各得一個兵馬使之職。其它各部，稍強一點的，也得到了副兵馬使、司馬、都虞侯等職位。不過教練使和教導官之職，李璟不顧眾人意見，強行從鎮東軍調人過去。
十個營十將之位，除了秦宗守的狼牙營沒什麼變化外，其它各部兵馬最後被整編成九個營。各家爭論激烈，誰都不願意自己的兵馬栽下去。如石守誠和姜舉都有上萬兵馬，當然想保留。可其它小勢力，雖然只有幾千數百，這個時候也不願意放棄，大家爭論半天，最後秦宗守得李璟示意，上前提議說讓各部兵馬集合起來來個大比武，按個人本領算，把最強壯，身手最好的九千人錄用。其餘的淘汰。
這個提議出來，都自認為自己兵馬強壯的各家。當然也不好反對了，最後就定下比武來淘汰多餘兵馬。至於淘汰下來的，李璟倒也沒有直接不管，而是提出把這些人重新錄用各縣的衙役以及團結兵。這個決定，讓各家都大為滿意。雖然換了個名頭，可還是自己人嘛。不過李璟也只是微笑不語，他早有信心，只要把這些兵來來回回的整編上幾回，到時拿著鎮東軍優厚的糧餉獎賞，誰還記得老主子是誰。
各部對於那些軍職爭奪激烈，對於五縣的那些文職，反倒是沒怎麼爭奪了。不但不願意爭奪，反都有些不願意轉為文職。遼東混亂了百年，不比中原內地，中原此時武夫藩鎮幾乎割據，但文官地位還是很高的。可在遼南，這地方都亂了百多年了，文人地位十分低下。這些人都不願意放棄手中的兵權，最後李璟給那些軍官們都安排了一些官職，剩下的也沒和士兵一樣淘汰，而是安排進了鎮東軍中任職。
至於五縣的那些官職，那些遼南各部的人不願意要，李璟心中正高興呢。當即就從鎮東軍的諸教導官之中，抽調了一批人擔任五縣的縣令、縣丞、縣尉還有六房等職。把這事情給定了下來，不給他們還悔的機會。
有鎮東軍的強力威懾，加是都裡鎮王普還有青泥城的李居義，狼牙寨的秦宗守等人做代表，各家也看到李璟自進入遼南以來，迅速的蕩平了許多股小勢力，並且連高句麗人都連敗手下，不得不請和。他們也沒什麼選擇，打是打不過，那就只有歸附了。幸好李璟也不是個太過霸道的人，最起碼還給他們留了十個營頭。
一番爭爭吵吵，最後塵埃落定。
遼南積利州以南的大片地盤，最後被李璟整合成為遼南都督府，下轄八縣。原有各部兵馬，也被整合了三廂十五營，建立了大小十一個軍鎮，另外李璟也調入五千兵馬，在巍霸山城四城以及長興諸島和長山群島建六軍鎮。
遼南各部的十個軍鎮，加上卑沙、青泥、都裡鎮三個軍鎮，還有鎮東軍新建巍霸等六軍鎮，最後，遼南有十九個軍鎮，遼南共有六個廂，三十個營，三萬人馬。
遼南各部和都裡鎮三廂一萬五人馬，李璟的鎮東軍三廂一萬五千人馬。
登州和大謝島鎮東軍還有一萬人馬，如此一來，雖然遼南整編的各部還不完全處於掌控之中，但安東都護府下，卻擁有了四