策動下宣佈外**立，並派黑喇嘛丹畢堅贊等率兵西進烏里雅蘇臺和科布多。丹畢堅贊是20世紀初期活躍於中國外蒙古、內蒙古、甘肅地區的傳奇人物，因為他總是以喇嘛形象示人，故而又稱黑喇嘛或假喇嘛。他自稱是出生於俄羅斯的蒙古人，俄羅斯駐庫倫領事館也證明他是俄羅斯公民，但他卻一直在中國境內從事反對中華統治、策動**立的活動。
丹畢堅贊自稱是上天派來自中國人手中解放蒙古人的使者，不遺餘力地鼓吹**立，癲癇病發作的外蒙各部札薩克（官名，蒙語“執政官”的意思）也紛紛響應，唯有科布多的杜爾伯特汗噶勒章那木濟勒效忠清朝，仍聽科布多參贊大臣溥？？節制。
1912年5月，丹畢堅贊率庫倫“獨立”軍5000餘人，在沙俄支援下聯合海山、馬格薩爾扎夫進攻科布多。當時科布多城只有守軍300多人，北洋政府電令新疆都督楊增新派兵援救，但新疆援軍因為俄國阻撓等原因遲遲不能開拔，致使數百守軍困守孤城。三個月之後，外蒙古軍終於攻陷內無糧草、外無救兵的科布多城，驅逐了末任科布多參贊大臣溥？？，科布多舊城也被外蒙古軍隊焚燬。
不久科布多全境失陷。
丹畢堅贊對中國非常憎惡，對待中國俘虜更是極為殘酷，曾以匕首劃開俘虜胸膛，親手伸入胸腔摘取心臟，然後使用這些心臟與俘虜的大腦、血液混合，獻祭於藏傳佛教諸神。——就是這樣的一個人，因為對外**立“有功”，被哲布尊丹巴封為活佛，成為外蒙古西部的軍事統治者。
正是由於丹畢堅讚的罪惡行徑，孫元起毫不遲疑地把科布多城列為這次打擊的重點目標，發誓要把丹畢堅贊藏身之處炸成一根爛油條。
1913年2月1日下午一時許，正是達官貴人飲酒作樂酒酣耳熱的時候，兩架轟炸機在偵察機的引導下飛臨科布多城上空，對城主府、丹畢堅贊住宅、軍營等地點投擲了8枚巨型汽油燃燒彈，頃刻之間將這幾處地方化為一片火海。
1913年2月2日下午一時許，兩架轟炸機在轟炸完烏里雅蘇臺之後再次光臨科布多城，對剩餘的軍事要地進行轟炸。不過這次效果明顯沒有上次那麼突出，科布多城王公喇嘛一聽到“嗡嗡”的飛機聲音，就像受驚的兔子，立即跳上快馬向城外狂奔。從天空上看，科布多城彷彿如同一個被捅了的馬蜂窩，不管是活佛喇嘛還是走夫乞丐，都拼命地遠離這座災難之城。
1913年2月3日下午一時許，恐嚇完庫倫之後，兩架轟炸機又一次蒞臨科布多城進行例行轟炸。不過這次每架飛機只攜帶兩枚燃燒彈，因為此時科布多城已經成為無人居住的鬼城。除了燃燒彈，飛機攜帶更多的是宣傳單，在宣傳單中孫元起明確指出：除非丹畢堅贊身逃到國外，否則將對他的藏身之所進行持續無限制轟擊。
但誰也不知道丹畢堅贊身在何處，此後他也沒有再出現過。絕大多數歷史學家猜測他已經在第一天的轟炸中死於非命，但這個猜測無法獲得證實，因為熟悉丹畢堅讚的人大部分已經在轟炸中死去，少數知道的也都怕受株連而逃之夭夭，沒有誰願意出面作證。於是丹畢堅讚的生死就成了歷史上的一個謎團。
對於孫元起勢若雷霆的懲膺行動，作為受害者，不知是轟炸的效果太過震撼，致使庫倫當局驚訝失聲，還是外蒙幅員遼闊交通不便，導致抗議的訊息現在還沒有傳到北京，又或者是撒在庫倫的傳單威懾力十足，嚇得哲布尊丹巴閉口不言，總之，外蒙保持了少有的緘默。
袁世凱素來訊息靈通，無論是孫元起派轟炸機出動，還是四省三路出兵，他肯定都瞭如指掌。不過他對外蒙早已心懷不滿，只是礙於種種原因才沒有出兵，此次由孫元起代勞，揍得哲布尊丹巴暈頭轉向，還是學雷鋒做好事不留名，心裡爽得跟剛做完馬殺雞一樣。他又怎麼會自己主動捅出來呢？
英、美、日各國使館或許知道一些端倪，但決不會主動替沙俄或外蒙出頭。
所以最後跳出來的又是俄國人。
俄國駐華公使庫朋斯基很快就中**隊殺害俄國僑民及外交人員、損害俄國在外蒙的利益，氣沖沖地向袁世凱、外交部提出嚴重抗議，並索要鉅額賠償，聲稱中國政府如果不在24小時內做出答覆，一切後果自負。
外交總長陸徵祥作為老牌外交家，一本正經地說道：“我國政府對貴國在華僑民及外交人員的遇難、以及造成的利益損失表示遺憾，不過——”
“不是在華，是在外蒙！”庫朋斯基糾正道。
陸徵祥道：“請問公使閣下，外蒙是