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阿方索神父作為一個葡萄牙人，信仰的自然是天主教，而荷蘭這群低地佬。卻是新教的教徒。而新教有幾個教派，荷蘭人所篤信的是其中的加爾文派，加爾文認為，誰被上帝救贖，誰被棄絕，全由上帝預定。只有上帝的“選民”（chosen ；people）才能得救，併產生信心而稱義，只有自律、節儉、辛勤工作才能贏得上帝的恩寵和挑選。新教同天主教的差距主要是否定教皇權威，兩個教派也都是恨不得掐死對方。
這一點在臺灣教區之爭當中也是矛盾鮮明。在荷蘭人和西班牙人一南一北分別侵佔臺灣之時，兩個侵略者也是分別傳播自己的教義給那些土人。漸漸形成了南部荷蘭人佔據的地區土著信仰加爾文教派，北部西班牙人信仰的則是天主教的局面。而這一次臺灣的那些叛亂的東番之中，便有很大一部分是信仰荷蘭人傳播的加爾文教派的！許多俘虜身上還搜出了新教的有關信物、經文等。
相反的，在天主教徒佔多數的臺灣北部地區，甚至是更加